<div dir="ltr">Dear Nicola,<br><br>Hmm ok.<div>Since your code below is perfect,<br><br>ERP1 = mean(EEG.data,3);<br>ERP2 = mean(EEG.data,3);<br>Difference_ERP = ERP1 – ERP2 ;<br><br>is it possible for you to compare the 'Difference' above with 'erpsub' below?<br><br>[erp1, erp2, erpsub, times, pvalues] = pop_comperp( ALLEEG, flag, datadd, datsub, varargin);<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">So you perform</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">finalAns = Difference_ERP - erpsub</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">They should be identical.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 1, 2016 at 4:54 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:n.johnstone@surrey.ac.uk" target="_blank">n.johnstone@surrey.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal">Dear list, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none">When calculating difference waves, I have found that when using pop_comperp the graph output differs from when I perform a subtraction in Matlab:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none">ERP1 = <span style="color:black">
mean(EEG.data,3); <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black">ERP2 = mean(EEG.data,3);</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Difference_ERP = ERP1 – ERP2 ; <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">And plot this in a Matlab figure.  <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">The values are always larger in the Matlab figure, and look less like the difference ERP I’d expect, whereas the result of pop_comperp looks much more reasonable, as are the values. I’ve examined the pop_comperp function and it seems to
 apply the same subtraction processes as the Matlab command line subtraction – so I cannot figure out why there’d be a disparity in results.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’d like to be able to extract data from these difference waves using Matlab for statistical analyses, but I’d like to understand why these results diverge in the first instance.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Can anyone offer an explanation for why there’s a ‘difference’ in my difference waves?
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Nicola<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div></div>