<div dir="ltr">Hello Tarik, <div><br></div><div>thank you very much for your helpful reply. I would like to elaborate some more:</div><div><br></div><div>We are planing to do coherence analysis, for which ICA and average reference seem not to be recommended (e.g. <span style="font-size:12.8px">Uhlaas 2006 & 2009 for reference in TF analysis, </span><span style="font-size:12.8px">Thatcher 2010 for reference and ICA in coherence analysis)</span></div><div><br></div><div><span style="font-size:12.8px">The the most important at this point is that I am still unsure about the re-referencing procedure in EEGLAB. I tried re-referencing to mastoids (TP9, TP10) directly after data import (after import reference is unknown in eeglab), and compared with the re-referencing procedure described in EEGLAB wiki (first get common reference (FCz) back to data, then do average reference, and finally do mastoids re-referencing), the resulting signals are quite different, so this two are obviously quite different procedures in their results. Given that, it would be quite important to be sure that both procedures are actually correct, namely is direct re-referencing to mastoids just a wrong thing to do in EEGLAB for data recorded with common reference? <br>If to do first average reference is a requirement to do mastoids re-referencing in EEGLAB, then average reference should be done without considering the bad channels, as you say, this would mean one should first reject the bad channels before average reference, and only after, interpolate them, right?</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Best,</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Ruben</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-07-22 6:10 GMT+02:00 Tarik S Bel-Bahar <span dir="ltr"><<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com" target="_blank">tarikbelbahar@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Hello Ruben, some notes below that may be of use. best wishes.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">*************************************</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Regarding your epoch rejection, order seems generally correct. I would suggest also visually inspecting and making changes in thresholds if necessary, and using other sub-tools in the channel-based rejection GUI. With 128 channels, the data is well suited to ICA based artifact-detection and ICA-based analyses. If you haven't had a chance to, examine time-frequency dynamics for particular ICs. See also several tools for cleaning data that come with eeglab, including "trim outlier" and the ASR-based continuous data cleaning. </div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">One can drop the mastoid channels after rereference to them. <br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">No need to put back in the Fcz. Consider just dropping bad channels, average reference with good channels (see e.g, prep pipeline), and then interpolate bad channels.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">However, plenty of researchers "rereference" to all channels at the start of their pipelines rather than only using good channels.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">One could interpolate Fcz as a last step if one wants to report on it.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">If you haven't had a chance to, see Makoto's pipeline suggestions, eeglab online tutorials for time-frequency analysis and all eeglab aspects, as well google eeglab list for past mentions regarding your topics.<br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Sat, Jul 16, 2016 at 2:26 AM, Ruben Perellón Alfonso <span dir="ltr"><<a href="mailto:ruben.palfonso@gmail.com" target="_blank">ruben.palfonso@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hello!<div><br></div><div>I am about to pre-proces data before doing Morlet Wavelet Transform.</div><div>Some trials where already rejected based on visual rejection criteria and bad channels where also identified via visual inspection..</div><div>These are the next planned steps:</div><div><br></div><div>1. Re-reference data to linked Mastoids (TP9, TP10)</div><div>2..Interpolate bad channels.</div><div>3. Reject epochs based on threshold -+500microV</div><div>4. Reject epochs based on improbable events, 6SD per channel 2SD for all channels.</div><div>5. Do wavelet transform</div><div><br></div><div>I would really appreciate the input regarding how correct the order of this steps looks to you, and whether you consider some fundamental step is missing.</div><div><br></div><div>I also have a concrete question regarding step 1: </div><div>We recorded using a 128 channels Brain Producs system, with a common reference at FCz. This reference does not appear on import of data into EEGLAB of course. Now I am wondering how to properly re-reference the data. In the EEGLAB wiki it says that for linked mastoids, one should first create a dummy channel of zeros for the common reference, then do average reference keeping the common reference, and only then re-reference again to the mastoids. But why can't I just directly re-reference to mastoids? Once re-reference is done, is there any reasons why I should keep the reference channels in the data?</div><div><br></div><div>Thanks</div><span><font color="#888888"><div>Ruben</div></font></span></div>
<br></div></div><span class="">_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></span></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>