<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#000000">Makoto,</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#000000">What I'm doing is loading the files from a directory and using the pop_loadset function to store each EEG structure into a cell called EEG for future use. Then, I pass each cell into the pop_runica function to run the ICA. </div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#000000">I also discovered the bug. I created a folder called 'runica' to store the .set files of the ICA analysis. This seemed to create a conflict with the 'runica' parameter. After I changed the folder name to 'runica_all' the code worked fine. Is there an explanation for this?  </div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#000000">Thanks,</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#000000">Vishal</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 18, 2016 at 4:45 PM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Vishal,<div><br></div><div>Hmm I am concerned with EEG{i}. EEG is not a cell but structure... am I correct? Try EEG = pop_runica(EEG, ...) instead after retrieving EEG from ALLEEG.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Makoto</div></font></span><div><div class="h5"><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 17, 2016 at 3:21 PM, Vishal Vijayakumar <span dir="ltr"><<a href="mailto:vijay059@umn.edu" target="_blank">vijay059@umn.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Hello Makoto,</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">I did some tests, and I realized that while it works fine as a function, when I try to put it in a loop, it fails to recognize runica as a valid parameter. Here's an example:</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">for i = 1:length(EEG)</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"> </div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">new_egg_ica = pop_runica(EEG{i},'icatype','r<wbr>unica');</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">end</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">This is a scenario where it fails. In cases where I don't iterate through anything, it runs fine.</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Let me know if there's any more information I can provide.</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Thanks,</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Vishal<br></div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 10, 2016 at 6:15 PM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Vishal,<div><br></div><div>This should probably go to EEGLAB Bugzilla.</div><div><a href="https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/enter_bug.cgi" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/bugzilla<wbr>/enter_bug.cgi</a><br></div><div>You may want to file the problem there. I appreciate your patience and cooperation.</div><div><br></div><div>Meanwhile, as a workaround and testing, I suggest you don't use 'icatype' option because the default is 'runica' anyway. What version of Matlab are you using by the way? I've never heard of the problem before.</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Thu, Aug 4, 2016 at 1:41 PM, Vishal Vijayakumar <span dir="ltr"><<a href="mailto:vijay059@umn.edu" target="_blank">vijay059@umn.edu</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Hello,</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Until recently, I've been able to use runica in scripts by using pop_runica(EEG,'icatype','runi<wbr>ca').</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">However, after performing pre-processing on a dataset, the pop_runica algorithm fails to recognize it as a parameter, displaying the following error:</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif">pop_runica error: wrong value for argument 'icatype'</font></div><div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif">I don't understand the error. The runica option does not show up in the gui either. The same command works well for fastICA. I tried to download the toolbox and run it again, but I still face the same issue. </font></div><div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif">I would appreciate any help you can provide in this issue!</font></div><div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif">Thanks,</font></div><div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif">Vishal</font></div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/ee<wbr>glabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.uc<wbr>sd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.e<wbr>du</a><span><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>