<div dir="ltr">Dear Marco,<div><br></div><div>> (and sorry for the 1 year delay!)<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I'm rather surprised that you still remember it. I appreciate you have not forgot the question, because it is important.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I read your question. I believe my updated pipeline page answeres your question how to do it. See 'Remove bad channels' and 'Interpolate removed channels'.</div><div class="gmail_extra"><a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_preprocessing_pipeline">https://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_preprocessing_pipeline</a><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I hope your year-long problem is finally answered!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 21, 2016 at 1:17 AM, Marco Buiatti <span dir="ltr"><<a href="mailto:marco.buiatti@gmail.com" target="_blank">marco.buiatti@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Makoto and John,<div><br></div><div>thanks for your feedback and links to advanced preprocessing tools (and sorry for the 1 year delay!).</div><div><br></div><div>However, I still do not have an answer to my basic question on EEGLAB's current options for reinterpolating removed channels.</div><div><br></div><div>I reformulate it here:</div><div><br></div><div>I would like to:</div><div><br></div><div>1) Remove bad channels</div><div>2) Run ICA and remove artefacted ICs</div><div>3) Reinterpolate bad channels, preferably back in the same channel order as before (e.g. if I removed channel 12, I would like it to be back as the 12th channel)</div><div><br></div><div><span style="font-size:12.8px">The button 'Select from removed </span><span class="gmail-m_-7027960615857947398gmail-il" style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255)">channels</span><span style="font-size:12.8px">' in Tools > </span><span class="gmail-m_-7027960615857947398gmail-il" style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255)">Interpolate</span><span style="font-size:12.8px"> Electrodes seems perfect to perform this operation, but if I remove channels following EEGLAB's instructions (<a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_01:_Rejecting_Artifacts" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/wiki/<wbr>Chapter_01:_Rejecting_<wbr>Artifacts</a>) Edit > Select data, the button </span><span style="font-size:12.8px">'Select from removed </span><span class="gmail-m_-7027960615857947398gmail-il" style="font-size:12.8px">channels</span><span style="font-size:12.8px">' in Tools > </span><span class="gmail-m_-7027960615857947398gmail-il" style="font-size:12.8px">Interpolate</span><span style="font-size:12.8px"> Electrodes is still not available</span><span style="font-size:12.8px">. Which procedure should I use to make it available?</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Thanks!</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Marco </span></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><div><div class="gmail-h5"><br><div class="gmail_quote">On 2 September 2015 at 19:50, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I agree with John.</div><div>FYI, check these links.</div><div><br></div><a href="http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2015.00016/abstract" target="_blank">http://journal.frontiersin.org<wbr>/article/10.3389/fninf.2015.<wbr>00016/abstract</a><br><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_preprocessing_pipeline" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Mako<wbr>to's_preprocessing_pipeline</a><br></div><div><br></div><div>Also check out clean_rawdata()</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Plugin_list_process" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Plug<wbr>in_list_process</a><span class="gmail-m_-7027960615857947398HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="gmail-m_-7027960615857947398HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Makoto</div></font></span></div><div class="gmail-m_-7027960615857947398HOEnZb"><div class="gmail-m_-7027960615857947398h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 29, 2015 at 2:03 AM, John Fredy Ochoa Gómez . <span dir="ltr"><<a href="mailto:jfochoaster@gmail.com" target="_blank">jfochoaster@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">I also recommend the PREP pipeline that have robust detection and interpolation algorithms for the bad channels</div><div class="gmail_extra"><div><div class="gmail-m_-7027960615857947398m_-2184351179181086165h5"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 22, 2015 at 1:39 AM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Marco,<div><br></div><div>Remove the channel, run ICA, interpolate the removed channel if necessary. Do not run ICA with the bad channel.</div><span><div><br></div><div><span style="font-size:12.8px">> I don't know how to do step 3.</span></div><div><br></div></span><div>EEGLAB has a channel interpolation function which user can do it from GUI.</div><div><br></div><div>Makoto<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Thu, Aug 20, 2015 at 9:33 AM, Marco Buiatti <span dir="ltr"><<a href="mailto:marco.buiatti@gmail.com" target="_blank">marco.buiatti@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Dear EEGLAB Masters,<div><br></div><div>I have a question concerning the interpolation of bad channels after ICA.</div><div><br></div><div>When I identify a bad channel, I would like to: </div><div>1) run ICA ignoring that channel, <br></div><div>2) remove ICs representing artifacts, </div><div>3) and then reinterpolate the channel.</div><div><br></div><div>What's the cleanest way to do that<span style="font-size:12.8px">? I know that I can deselect that channel when I run ICA (by the way, what is plotted at that channel position when I plot the topography of the ICA components</span><span style="font-size:12.8px">?)</span><span style="font-size:12.8px">, but I don't know how to do step 3.</span></div><div><br></div><div>Ideally, I would like the interpolated channel to be in the same order where it was before, so that channel configuration is the same across subjects.</div><div><br></div><div>I see a button 'Select from removed channels' in Tools > Interpolate Electrodes which sounds like solving this issue, but I have not been able to activate it. </div><div><br></div><div>Thanks for your help,</div><div><br></div><div>Marco</div><span><font color="#888888"><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Marco Buiatti<br><br><span style="font-size:small">Neonatal Neurocognition Lab</span><br><span style="font-size:small">Center for Mind/Brain Sciences</span><br style="font-size:small"><span style="font-size:small">University of Trento,</span></div>Corso Bettini 31, 38068 Rovereto (TN), Italy<div>E-mail: <a href="mailto:marco.buiatti@unitn.it" target="_blank">marco.buiatti@unitn.it</a></div><div><span style="font-size:12.8px">Phone: </span><a href="tel:%2B39%200464-808178" value="+390464808178" target="_blank">+39 0464-808178</a></div><div><br>******************************<wbr>*****************</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></font></span></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/ee<wbr>glabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.uc<wbr>sd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.e<wbr>du</a><span><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/ee<wbr>glabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.uc<wbr>sd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.e<wbr>du</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br></div></div><div>John Ochoa<br>Docente de Bioingeniería<br>Universidad de Antioquia<br></div>
</div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail-m_-7027960615857947398m_-2184351179181086165gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br></div></div><div class="gmail-m_-7027960615857947398gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div class="gmail-h5"><div>Marco Buiatti<br><br><span style="font-size:small">Neonatal Neurocognition Lab</span><br><span style="font-size:small">Center for Mind/Brain Sciences</span><br style="font-size:small"><span style="font-size:small">University of Trento,</span></div></div></div><div>Piazza della Manifattura 1,<span style="font-size:12.8px"> 38068 Rovereto (TN), Italy</span></div><span class="gmail-"><div>E-mail: <a href="mailto:marco.buiatti@unitn.it" target="_blank">marco.buiatti@unitn.it</a></div><div><span style="font-size:12.8px">Phone: </span><a href="tel:%2B39%200464-808178" value="+390464808178" target="_blank">+39 0464-808178</a></div></span><div><a href="https://sites.google.com/a/unitn.it/marcobuiatti/" target="_blank">https://sites.google.com/a/<wbr>unitn.it/marcobuiatti/</a></div><div><br>******************************<wbr>*****************</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>