<div dir="ltr">Dear Claudio,<div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)">> EEG.data(end+1, :, :) = zeros(1, EEG.pnts, EEG.trials);</span> <span style="color:rgb(255,153,0)">%just accounting for the 3rd dimension</span><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Sure, this seems right.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">> % Adjust data rank for ICA<br><span style="color:rgb(0,0,255)">> g.chanind = 1:EEG.nbchan;</span> <span style="color:rgb(255,153,0)">%based on computing the rank within 'pop_runica'</span><br>> t<span style="color:rgb(0,0,255)">mpdata = reshape(EEG.data(g.chanind, :,:), length(g.chanind), EEG.pnts*EEG.trials); <br>> tmprank = getrank(double(tmpdata(:,1:<wbr>min(3000, size(tmpdata,2)))));</span><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I am not quite sure, but generally speaking for this rank calculation you can collapse data dimension in this way</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">data = EEG.data;</div><div class="gmail_extra">tmpData = data(:,:);</div><div class="gmail_extra">rank(tmpData') </div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Maybe your code works fine too, I'm not saying your approach is wrong.</div><div class="gmail_extra">If you encounter any problem please let me know. Good luck!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 14, 2016 at 5:42 AM, Claudio Georgii <span dir="ltr"><<a href="mailto:Claudio.Georgii@stud.sbg.ac.at" target="_blank">Claudio.Georgii@stud.sbg.ac.at</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Dear  eeglablist,<br><br></div>the original batch code (<a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto%27s_useful_EEGLAB_code#Example_of_batch_code_to_preprocess_multiple_subjects" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/wiki/<wbr>Makoto%27s_useful_EEGLAB_code#<wbr>Example_of_batch_code_to_<wbr>preprocess_multiple_subjects</a>) uses continous data and we thought about adapting the code to use it for epoched data.<br></div>This works fine for most of the code, but the "re-referencing" and "adjust data rank for ICA" section. Because the dimensionality of the data matrix is now 3D instead of 2D (due to the trial information)<br><br></div>Thus, I wanted to ask, whether the adaptions we made are correct (changes marked in blue):<br><br>% Re-reference to average<br>EEG.nbchan = EEG.nbchan+1;<br><span style="color:rgb(0,0,255)">EEG.data(end+1, :, :) = zeros(1, EEG.pnts, EEG.trials);</span> <span style="color:rgb(255,153,0)">%just accounting for the 3rd dimension</span><br>EEG.chanlocs(1,EEG.nbchan).<wbr>labels = 'initialReference';<br>EEG = pop_reref( EEG, []);<br>EEG = pop_select(EEG, 'nochannel', {'initialReference'});<br><br><div><div><div><div><div><div>and more importantly:<br>% Adjust data rank for ICA<br><span style="color:rgb(0,0,255)">g.chanind = 1:EEG.nbchan;</span> <span style="color:rgb(255,153,0)">%based on computing the rank within 'pop_runica'</span><br>t<span style="color:rgb(0,0,255)">mpdata = reshape(EEG.data(g.chanind, :,:), length(g.chanind), EEG.pnts*EEG.trials); <br>tmprank = getrank(double(tmpdata(:,1:<wbr>min(3000, size(tmpdata,2)))));</span><br>channelSubset = loc_subsets(EEG.chanlocs, tmprank);<br>EEG = pop_select( EEG,'channel', channelSubset{1});<br>EEG = pop_chanedit(EEG, 'eval','chans = pop_chancenter( chans, [],[]);');<br><br></div><div>In addition, in our case 'getrank' gives consistently the following warning:<br><br>Warning: fixing rank computation inconsistency (56 vs 55) most likely because running under Linux 64-bit Matlab<br><br></div><div>We online average reference (during our recording). Might this produce this warning message and thus can be 'ignored'?<br><br></div><div>Thank you very much for your help, in advance!<br><br></div><div>Best,<br></div><div>Claudio <br></div><span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><div>-- <br><div class="gmail-m_-5117306889535213840gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Claudio Georgii, MSc.<br></div><div>Phd student<br></div><div>University of Salzburg - Department of Psychology<br></div><div>Eating Behavior Laboratory<br></div><div>Hellbrunnerstraße 34<br></div><div>5020 Salzburg - Austria<br><br></div><div>Phone: 0043- (0)662 8044 5164<br></div><div>E-Mail: <a href="mailto:claudio.georgii@sbg.ac.at" target="_blank">claudio.georgii@sbg.ac.at</a><br></div></div></div>
</div></font></span></div></div></div></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>