<div dir="ltr">Dear Hannah,<div><br></div><div>Sorry for the trouble. Hmm that's a mysterious behavior.</div><div>In the case of informax, it does change the processing speed depending on your data quality. So I would recommend you check your data with trimOutlier() plugin to see if there is any outlier in multiple senses.</div><div><br></div><div>If you are sure it is not becaues of data quality, we would want to receive the data in question to replicate the problem, if it does not matter to you. Thank you for your cooperation and patience.</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 16, 2017 at 11:26 AM, Hiebel, Hannah (<a href="mailto:hannah.hiebel@uni-graz.at">hannah.hiebel@uni-graz.at</a>) <span dir="ltr"><<a href="mailto:hannah.hiebel@uni-graz.at" target="_blank">hannah.hiebel@uni-graz.at</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">Dear all,<br>
</span></p>
<p><br>
<span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif"></span></p>
<p><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">I am using ICA to clean my EEG data for eye-movement related artifacts. I’ve already done some testing in the past to see how certain pre-processing steps affect the quality of my decomposition
 (e.g. filter settings). In most cases, it took approximately 1-2 hours to run ICA for single subjects (62 channels: 59 EEG, 3 EOG channels).<br>
</span></p>
<p><br>
<span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif"></span></p>
<p><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">Now that I run ICA on my final datasets it suddenly takes hours over hours to do only a few steps. It still works fine in some subjects but in others runica takes up to 50 hours. I observed
 that in some cases the weights blow up (learning rate is lowered many times); in others it starts right away without lowering the learning rate but every step takes ages.</span></p>
<p><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">I’ve done some troubleshooting to see if a specific pre-processing step causes this behavior but I cannot find a consistent pattern. It seems to me though that (at least in some cases) the high-pass
 filter played a role – can anyone explain how this is related? Could a high-pass filter potentially be too strict?<br>
</span></p>
<p><br>
<span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif"></span></p>
<p><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">On the eeglablist I could only find discussions about rank deficiency (mostly due to using average reference) as a potential reason. I re-referenced to linked mastoids – does this also affect
 the rank? When I check with <em><span style="font-family:"Verdana",sans-serif">rank(EEG.data(:, :))
</span></em>it returns 62 though, which is equal to the number of  channels. For some of the “bad” subjects I nonehteless tried without re-referencing – no improvement. Also, reducing dimensionality with pca ("pca, 61") didn’t help.<br>
</span></p>
<p><br>
<span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif"></span></p>
<p><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">Any advice would be very much appreciated!<br>
</span></p>
<p><br>
<span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif"></span></p>
<p><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">Many thanks in advance,</span></p>
<p><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">Hannah</span></p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="m_-3056305322989869703Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="margin:0px;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div class="m_-3056305322989869703BodyFragment"><font size="2">
<div class="m_-3056305322989869703PlainText">Hannah Hiebel, Mag.rer.nat.<br>
Cognitive Psychology & Neuroscience</div>
<div class="m_-3056305322989869703PlainText">Department of Psychology, University of Graz</div>
<div class="m_-3056305322989869703PlainText">Universitätsplatz 2, 8010 Graz, Austria </div>
</font></div>
</div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>