<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:#333399">Hello Tiago, Interesting project! Some notes below that should help you debug.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">0. It's not clear whether you are visually rejecting epochs or automatically. It does not make too much of a difference, except if it is visual, then it could be based on differences between researchers, but I think you have controlled for that already.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">0. Replicate your epoch rejection steps both with the GUI and with your script. Double check that the eegh output is the same across all three computers, and that the "working" settings from doing it via the gui really match the script settings.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">1. Reinstall fresh matlab and eeglab on each computer. Alternatively kill all matlab paths, and load up new clean folder of eeglab - same one to each of the three computers. Don;t use your old eeglab folder. Repeat all checks.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">2. Check all settings in eeglab, and force-change them via command line for each computer. Check that all plugins are the same for each eeglab/computer.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">3. Review the epoching step on all three computers. How many epochs?, how many boundary events?, review command window output [how many samples dropped if any, etc..?]</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">4. On all three computers, count number of boundary events within one file, before and after epoching, and after epoch dropping.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">5. Review/compare the specific trial numbers (not how many) that are being dropped across the three computers.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">6. One solution for you is this:</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">If you can confirm that you truly have the same exact epochs in the file for which epoch rejection is to occur.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Then all you have to do is generate, one one computer, the numbers of the epochs that should be dropped, as a list.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Then just use that information whenever you have to repeat the epoching for that file.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Just have one researcher decide on all the epochs to reject.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">7. Google eeglablist to check if your topic has been mentioned before.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">8. Check and make an entry in eeglab Bugzilla if the problem is replicating.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 3, 2017 at 7:30 AM, tiago lopes <span dir="ltr"><<a href="mailto:tiago.lopes56@yahoo.com" target="_blank">tiago.lopes56@yahoo.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,Sans-Serif;font-size:13px"><div id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22345"><div style="display:table;width:769px;box-sizing:border-box;padding-top:12px;padding-left:0px;font-family:"Helvetica Neue","Segoe UI",Helvetica,Arial,"Lucida Grande",sans-serif" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22307"><div style="display:table-cell;width:auto;word-wrap:break-word;word-break:break-word" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22308"><div id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22309"><div id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22310"><div style="font-family:HelveticaNeue,"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,"Lucida Grande",sans-serif" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22311"><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22312">Dears EEGLAB list,</div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22313">​Hope you all are doing well.</div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22314">I am having a problem processing ​EEG signals of individuals with chronic pain​. That's why I would like to know if you ​ever​ had​ a similar issue at your laboratory.</div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22314"><br></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22315">​I first run a script to: establish the sampling rate (600 Hz), filter the data (.5 - 40 Hz) and re-ref them to the mean of all 30 electrodes we used, define channel locations, divide files in epochs (1280 ms)​, run ICA, and remove components 1 and 2.</div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22315"><br></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22316">When I run a second script to remove epochs by amplitude (+/- 750 microV), I have the problem of rejecting different number of epochs for some files when compared to my colleague analyzing the same data.</div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22316"><br></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22317">My colleague (Researcher A) and I are using the same version of Matlab​ (2014a)​ and EEGlab​ (13.6.5b)​. We are also using the same script​s​. Note that when I say the same script, it really is the SAME in EVERYTHING. We check​ed​ line by line and confirm​ed​ that the commands​ written in one  script is written exactly in the ​same way on the ​other.​ The only difference is the path to open the files (same files, of course).​</div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22317"><br></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22318"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22319">However, when we reject epochs, ​there are differences in some of the files. For instance, ​for ​one ​file, ​while the Researcher A gets 1 epoch​ rejected, I get 5 epochs​ rejected​. W​hat ​would be ​the explanation for this?</font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22320"><font><br></font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22320"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22321">We thought it was an error in data manipulation. Then we run the script in DEBUG mode to find possible difference​s​ in the variables generated by the scripts. W​e did that simultaneously and ​did not find any differences among our variables. </font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22322"><font><br></font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22322"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22323">Then I ran th​at same file on the third computer with MATLAB 2015 and it rejected a different number of epochs than we had rejected​ (for that file that she rejected 1 and I rejected 5, third computer rejected 6)​.</font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22324"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22325">​</font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22324"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22501">Other examples of inconsistency for the number of epochs rejected:</font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22326"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22327">A) Researcher A rejects 27 epochs, I reject 26 epochs, third ​COMPUTER  ​rejects ​27 epochs.</font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22328"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22329">B) Researcher A rejects 4​ epochs, I reject 5 , third ​COMPUTER ​rejects 6.</font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22330"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22331">B) Researcher A rejects 40 ​epochs, I reject 45, ​third ​COMPUTER ​rejects 45.</font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22332"><font id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22333">D)Researcher A rejects 60 epochs, I reject 60​, third COMPUTER 60 epochs.​ (for several files we all reject the same number of epochs)​</font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22334"> </div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22335">​Have you ever had this problem at your lab?</div><div dir="ltr" style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22336">If yes, how did you solve it?​ If not, would you have any insights about what could be happening? What ​would be your advice​ ​about this problem?</div><div id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22337"></div><div id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22338"> </div><div id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22339"><font size="2" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22340">Tiago Lopes, MS</font></div><div dir="ltr" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22341"><font size="2" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22342">Health Sciencies Institute - Federal University of Bahia</font></div></div></div></div></div></div></div><div></div><div id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22513"> </div><div class="m_-7834980594843203256signature" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_22515"><font size="2" color="#003333">Att</font><font size="2" id="m_-7834980594843203256yui_3_16_0_ym19_1_1488542794877_30776">. Tiago Lopes</font></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br></div>