<div dir="ltr"><div> Dr. Baloni:</div><div><br></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">1. Yes, you would interpolate after the second ICA. I personally interpolate as the last pre-processing step. Also </span><span style="font-size:12.8px">I assume you are referring to "clean raw data" and not cleanline, as the latter only removes line noise. </span></div><div><br></div><div>2. Yes, your rank would be 128 -10 = 118. If the channels were deleted from the dataset entirely ICA should detect this and run fine without additional options. If not then you should use the 'pca' command. Are you average referencing your data before ICA? In that case your rank would be 117 (at least as I understand it - someone on the list please correct me if this is inaccurate), otherwise it would be the number of channels remaining = 118. </div><div><br></div><div>Remember that if you remove any components in the 1st ICA the 2nd should be run on the original number of components minus the number removed (e.g. 117-25 = 92).</div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you, </div><div><br></div><span style="font-size:12.8px">On Thu, Mar 30, 2017 at 6:42 AM, Dr. Sonia Baloni </span><span dir="ltr" style="font-size:12.8px"><<a href="mailto:sbaloni@cbcs.ac.in" target="_blank">sbaloni@cbcs.ac.in</a>></span><span style="font-size:12.8px"> wrote:</span><br style="font-size:12.8px"><blockquote class="gmail_quote" style="font-size:12.8px;margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi All,<div><br><div>    I am new to EEGlab and trying to work with ICA analysis. I have been reading the eeglab list mails on ICA topic. I have gather few footnotes  and few question which I would like to ask:</div><div><br></div><div><br></div><div>1. Cleanline algorithm removes bad channels from the data. Posts in EEGlablist suggests that interpolation should be done after ICA.The tutorial suggests that two ICAs should be performed on the same data-set. So if we are performing two ICAs, we should interpolate these channels after second ICA?</div><div><br></div><div>2. I assume rank of the data (used in ICA analysis) would be equivalent to the number of channels in data after running clean line function. If there are for example 128 channels with which data was collected and 10 channels were removed with clean line function then the rank of the data would be 118. If we now want to run ICA on this data do we need to add “ ‘pca’,117 “ in command line option - next to ‘extended’, 1 ? as suggested in  the tutotrial : <a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_09:_Decomposing_Data_Using_ICA" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/wiki/C<wbr>hapter_09:_Decomposing_Data_Us<wbr>ing_ICA</a>.</div><div> </div><div><br></div><div>Thanks a lot.</div><div><br></div><div>Best </div><span class="gmail-m_-4762118140862609177HOEnZb"><font color="#888888"><div>Sonia</div><div><br></div><div><br></div></font></span></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/ee<wbr>glabmail.html</a><br>To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.uc<wbr>sd.edu</a><br>For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.e<wbr>du</a><br></blockquote><div><br></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Isaiah Innis<br>Indiana University '13<br>EEG Technician, IUB IRF<br><br></div></div>
</div>