<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:#333399">Hello Nike, some notes below, hope you find them useful!</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">********************************************</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Generally try to understand the ASR method better, as it seems to estimate the space, and "remove" outlier components, and then rebuilds the data.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Users should remember that the tool finds and uses what it thinks are the "cleanest" periods in order to estimate how to "change" the dirty periods.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">a. asr can remove anything that is weird. Check out the documentation and also the article on PREP pipeline which uses ASR functions too in the same way.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">b. if you run ica after ASR, and still see an IC component that is related to eye artifacts such as blinks or lateral eye movement, you could choose to remove those ICs. However, i have not seen publications explaining how the ASR cleaning impacts IC decompositions later on in an analysis pipeline. </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">If you have not had a chance to, review Makoto's online page of recommendations, which include steps/recommendations related to ASR and ICA, I believe.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">c. for not removing blinks but just big artifacts, you can hack into the functions that you are running, and feed it all the channels except channels near the blink.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">However, it's not clear how using ASR to reconstruct only some of the channels works, as some of the channels and periods will be rebuilt, whereas other channels will apparently remain untouched. You may want to check with Dr.Kothe, the developer of that code.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">d. you may also examine how the cleaning changes with different settings, and you can also try running some of the sub-functions by themselves</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">i believe that there is a clean_rawdata but it calls several subfunctions such as clean_channels, etc... </div><div class="gmail_default" style="color:#333399">So, for example, you could just/only run the function that replaces bad periods and not run the function that cleans channels, or alternatively you can set the threshold for channel dropping to be very low, so it does not drop any.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">You can see what functions are called by examining the code and documentation for the main function you are running.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">The documentation is quite helpful if you have not had a chance to look through, and there is also documentation for the subfunctions.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"> </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 5, 2017 at 1:58 PM, Nike gnanateja <span dir="ltr"><<a href="mailto:nikegnanateja@gmail.com" target="_blank">nikegnanateja@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Dear List, <br><br></div>I have been 
trying to use clean_rawdata (ASR) to clean the EEG. I tried using the 
default settings. On using the vis_artifacts I saw that most of the 
blinks have been reduced drastically following clean_rawdata. <br><br>Here are my questions:<br><br></div>1) Is ASR supposed to remove eyeblinks, or am I doing something wrong ?<br><br></div>2) If ASR removes the eyeblinks, should I or should I not use ICA to remove the blink artifacts ?<br><br></div>3)
 Is there a way to make sure that ASR just removes huge artifacts like 
head movements, channel noise or loose contacts etc., without affecting 
the blinks, which can be later removed using ICA ?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">Nike<br clear="all"><br>-- <br><div class="m_3939313372995122545gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><font face="georgia,serif" color="#6633ff"><a href="http://goog_636235333" target="_blank">G Nike Gnanateja</a></font></div><div><font face="georgia,serif" color="#6633ff">Junior Research Fellow,</font></div><div><font face="georgia,serif" color="#6633ff">Department of Audiology, </font></div><div><font face="georgia,serif" color="#6633ff">All India Institute of Speech</font></div><div><font face="georgia,serif" color="#6633ff">and Hearing Mysore-06</font></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br></div>