<div dir="ltr">Dear Narendra,<div><br></div><div>PREP does NOT apply high-pass filter. It applies it only for the purpose of CleanLine. The final output from PREP is NOT high-pass filtered (if I understand and remember correctly).</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 5, 2017 at 3:56 AM, Narendra Kumar <span dir="ltr"><<a href="mailto:narendra.linguistics@gmail.com" target="_blank">narendra.linguistics@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Dear Makoto and EEGLABlist users,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I am in a deep confusion in preprocessing of my EEG/ERP data focussed on N400/P600 component. Kindly clarify my following issues:</div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">As suggested in your pipeline,  at what stage of processing I need to apply ICA weight matrix and sphereing matrix with 1-Hz high-passed data to 0.1-Hz high-passed data. Actually, I want the data to be filtered with 0.1-30Hz followed by removing bad channels using PREP pipeline. On the other hand PREP pipeline suggest the data should be filtered with 1Hz High-pass.</div></blockquote><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></div>In such case, kindly <div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;display:inline">​suggest me preprocessing pipeline.​</div></span><br><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;display:inline"><br></div></span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;display:inline">Regards,</div></span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;display:inline">Narendra Kumar</div></span></div><div><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 4, 2017 at 9:47 AM, Narendra Kumar <span dir="ltr"><<a href="mailto:narendra.linguistics@gmail.com" target="_blank">narendra.linguistics@gmail.co<wbr>m</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Dear Makoto,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I have just realised one blunder done by me. I promised you that I won't disclose your message to anyone else but by mistake I cc'ed it to eeglab forum. I am extremely sorry for this. </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks and regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Narendra Kumar</div></div><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462HOEnZb"><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 4, 2017 at 8:26 AM, Narendra Kumar <span dir="ltr"><<a href="mailto:narendra.linguistics@gmail.com" target="_blank">narendra.linguistics@gmail.co<wbr>m</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Dear Makoto,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks a lot for your response.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Narendra</div></div><div class="gmail_extra"><div><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516h5"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 4, 2017 at 7:01 AM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Kumar,<div><br></div><div><span><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font color="#0000ff">> But I want  a to know one thing if I use your preprocessing pipeline,  I can I cite the webpage ?</font></div><div dir="auto" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div></span><div dir="auto" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="font-family:arial,sans-serif">I don't think citing a website is valid in scientific communication. Check the journal's policy.</span><br></div></div><span><div dir="auto" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="font-family:arial,sans-serif"><br></span></div><div dir="auto" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><div style="font-family:arial,sans-serif"><div dir="auto" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font color="#0000ff">> Further, following your preprocessing pipeline, when I run <b>Tool > Interpolate electrodes, </b>it gives the following warning message, </font></div><div><blockquote style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><font color="#0000ff"><br></font></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><font color="#0000ff"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Warning: do not interpolate channels before running ICA</font><br></font></blockquote><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div>Is it okay to proceed further ignoring this message ? </font></div></div></div><div dir="auto" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="font-family:arial,sans-serif"><br></span></div></span><div>ICA can 'usually' tell the right rank of the data, so I would say it's ok. If you have a concern, use 'pca', 16 if your number of channels BEFORE INTERPOLATION is 16 to explicitly tell ICA to use rank of 16.</div><span class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Makoto</div></font></span><div class="gmail_extra"><div><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591h5"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 3, 2017 at 6:26 PM, Narendra Kumar <span dir="ltr"><<a href="mailto:narendra.linguistics@gmail.com" target="_blank">narendra.linguistics@gmail.co<wbr>m</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​Dear Makoto,</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks for the reply. I won't disclose it anywhere. But I want  a to know one thing if I use your preprocessing pipeline,  I can I cite the webpage ?</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif" dir="auto"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif" dir="auto">Further, following your preprocessing pipeline, when I run <b>Tool > Interpolate electrodes, </b>it gives the following warning message, </div><div><blockquote style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Warning: do not interpolate channels before running ICA</font><br></div></blockquote><font face="arial, helvetica, sans-serif"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div>Is it okay to proceed further ignoring this message ? </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Kindly reply.</font></div><div dir="auto"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="auto"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thanks,</font></div><div dir="auto"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Narendra</font></div></div><br><div class="gmail_extra"><div><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591m_5987706759875487294gmail-h5"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 3, 2017 at 12:12 PM, narendra karna <span dir="ltr"><<a href="mailto:narendra.kumar@iitrpr.ac.in" target="_blank">narendra.kumar@iitrpr.ac.in</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Dear Makoto,</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px">I am a basic level learner of EEGLAB toolbox. I can only do GUI based steps. </span>In your preprocessing pipeline, you mentioned</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div><blockquote style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px">There are reports that 1-Hz high-pass filter attenuates (or even 'distorts') low-frequency, so-called 'late slow waves' of event-related potential family, such as N400 or P600 (these names are paradigm dependent, of course). To avoid this problem, one can calculate ICA weight matrix and sphereing matrix with 1-Hz high-passed data, then apply it to 0.1-Hz high-passed data. This ICA matrices transfer can be done through EEGLAB GUI 'Edit' -> 'Dataset info'.</span><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px"><br></span></div></blockquote><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.8px">Here, can you explain how to perform this step wise (in a pipeline way) ? I'll be thankful to you for this.</span></font></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.8px"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.8px">Thanks !</span></font></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.8px"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.8px">Regards,</span></font></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.8px">Narendra</span></font></div><div><span style="font-size:12.8px">Research Scholar</span></div><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591m_5987706759875487294gmail-m_-6429400938662807333m_1651580048081840355m_7903453241279918597gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">Department of Humanities and Social Sciences</div><div style="font-size:12.8px">Indian Institute of Technology Ropar</div><div style="font-size:12.8px">Punjab, India - 140001 <br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><br> <br></div></div></div></div>
</div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591m_5987706759875487294gmail-HOEnZb"><font color="#888888">-- <br></font></span><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591m_5987706759875487294gmail-m_-6429400938662807333m_1651580048081840355gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591m_5987706759875487294gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=0ByXinAASca41Qmx2U3RFbkN3YVU&revid=0ByXinAASca41UEYwdW9TWXkwWGR0QWp2dHRNNDhTZm44TWlvPQ" width="96" height="41"></font></span><span class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591m_5987706759875487294gmail-"><br>Research Scholar<div>Department of Humanities and Social Sciences</div><div>Indian Institute of Technology Ropar</div><div>Punjab, India - 140001 <br></div><div><br></div><div> <br><br></div></span></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span>-- <br><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591m_5987706759875487294gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</span></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br></div></div><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516m_9215426345187790591gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516h5"><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=0ByXinAASca41Qmx2U3RFbkN3YVU&revid=0ByXinAASca41UEYwdW9TWXkwWGR0QWp2dHRNNDhTZm44TWlvPQ" width="96" height="41"><br>Research Scholar<div>Department of Humanities and Social Sciences</div><div>Indian Institute of Technology Ropar</div><div>Punjab, India - 140001 <br></div></div></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462m_2144622280543525516gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=0ByXinAASca41Qmx2U3RFbkN3YVU&revid=0ByXinAASca41UEYwdW9TWXkwWGR0QWp2dHRNNDhTZm44TWlvPQ" width="96" height="41"><br>Research Scholar<div>Department of Humanities and Social Sciences</div><div>Indian Institute of Technology Ropar</div><div>Punjab, India - 140001 <br></div><div>Contact No.:- <a href="tel:+91%2089689%2045650" value="+918968945650" target="_blank">+91-8968945650</a><br></div><div>Homepage:- <i><a href="https://www.sites.google.com/site/narendraiitrpr/" target="_blank">https://www.sites.g<wbr>oogle.com/site/narendraiitrpr</a>/</i></div><div>Social Networking Sites: - <a href="https://www.facebook.com/narendra.karna.7" target="_blank">Facebook</a>; <a href="https://www.researchgate.net/profile/Narendra_Kumar22/" target="_blank">Researchgate</a><br></div><div><br> <br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_-1302608298745982632m_-6367338704864650462gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=0ByXinAASca41Qmx2U3RFbkN3YVU&revid=0ByXinAASca41UEYwdW9TWXkwWGR0QWp2dHRNNDhTZm44TWlvPQ" width="96" height="41"><br>Research Scholar<div>Department of Humanities and Social Sciences</div><div>Indian Institute of Technology Ropar</div><div>Punjab, India - 140001 <br></div><div>Contact No.:- <a href="tel:+91%2089689%2045650" value="+918968945650" target="_blank">+91-8968945650</a><br></div><div>Homepage:- <i><a href="https://www.sites.google.com/site/narendraiitrpr/" target="_blank">https://www.sites.g<wbr>oogle.com/site/narendraiitrpr</a>/</i></div><div>Social Networking Sites: - <a href="https://www.facebook.com/narendra.karna.7" target="_blank">Facebook</a>; <a href="https://www.researchgate.net/profile/Narendra_Kumar22/" target="_blank">Researchgate</a><br></div><div><br> <br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>