<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Hello Zhaleh, notes below best wishes. In general the two ways should be leading to approximately the same results/patterns.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">************************************</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">You can drop really noisy eye channels, and ICA should still pickup eye artifact ICs regardless. It's not clear whether your noisy eye channels comes from eye movements, and from something like facial EMG and/or tension/channel noise at eye channel locations. ICs shouldn't be used to control for noise at a few or single channel. However, an IC source that covers that region, upon removal of that IC, may decrease the total amount of noise at such focused (eye) channels.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Your first way seems fine to get data that should be relatively clean. You can add the following to the end of the first way: </div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif;font-size:13px;text-align:justify">Re-checking the data for residual artifactual epochs/segments [including removal of epochs/segments)</span></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Your second way, it's not clear from your notes where you start and stop the "do the works on each segment". I assume you mean you stop doing stuff for each segment, and then do ICA on all remaining epochs/segments.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Extra notes:</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">One should re-check the rebuilt EEG data after IC rejection using visual and semi-automatic methods (e.g., ICA based detection of artifactual epochs).</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">One can re-apply the ICA to the full continuous data, and then remove ICs, and then remove any still dirty time periods or epochs/segments. This can leave you with more data, as some epochs/segments that are rejected before ICA will be much cleaner and can be kept in.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Caveat: with only 32 channels you may want to focus on common neural ICs across subjects instead of rebuilding the EEG data after dropping ICs.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 22, 2017 at 4:29 AM, Jaleh Mohammad alipoor <span dir="ltr"><<a href="mailto:sugmad973@yahoo.com" target="_blank">sugmad973@yahoo.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:13px"><div id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_21980"><div style="background-color:inherit;display:table;width:567px;padding-top:12px;padding-left:0px" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22051"><div style="display:table-cell;width:auto;word-wrap:break-word" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22052"><div id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22053"><div id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22054"><div id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22055"><div dir="ltr" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22056"><div dir="ltr" style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22057">Hello,</div><div dir="ltr" style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22063"><br id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22064"></div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22065"> I’m doing a project on the effects of music on the functional connectivity of the brain using EEG. But l came across a confusing problem during preprocessing of my data!</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22066">We all know that there isn’t a confirmed and stable pipeline for preprocessing so that all experts agree on. So I tried two different ways to preprocess my data that l’ve explained below but adding to the confusion is the fact that after finishing preprocessing and doing the main process, data acquired by each of these two ways gave me completely different results and now l wonder which of these ways and subsequently final results could be correct!!</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22067"><br id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22068"></div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22069"> but first l want to give you a little about my data and process. I took a 32-channel continuous data of length 350000 datapoints from each person(my subjects are children between 10 to 13 years old). These data consist of 12 segments during which 12 music excerpts was played. The lengths of these 12 segments vary between 12000 And 27000 datapoints. As you can see below the only major difference between these two pipelines that l’ve taken is doing segmentation as the final step or doing it earlier!!  My reason to abandon the first way and trying the second was the fact that the final segments in first way, after doing all of these steps and after segmentation were sometimes noisy and had noisy channels that made me confused!!</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22070"> And now the two ways l took to clean the data and prepare it for the final process:</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22071"><br id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22072"></div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22073"><b id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22074"><u id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22075">First way:</u></b></div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22076">Define channel location file</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22077">Band-pass filter between 1 to 40 Hz</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22078">Rejection of paroxysmal artifacts</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22079">Remove bad channels</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22080">Run ICA</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22081">Run ADJUST toolbox to find bad components</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22082">Interpolate removed channels</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22083">Re-reference to average</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22084">Segmentation</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22085"> </div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22086"><b id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22087"><u id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22088">second way:</u></b></div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22089">Define channel location file</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22090">Band-pass filter between 1 to 40 Hz</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22091">Segmentation</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22092"><b id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22093">And doing these works on each segment</b>:</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22094">Remove paroxysmal artifacts</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22095">Remove bad channels (but l didn’t remove if bad channels were fp1 and fp2 because l thought they were bad channels because of eye blinks and eye movements (by visual inspection) that ICA would remove them properly and data after running ICA and ADJUST showed me that l thought correct)</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22096">Run ICA</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22097">Run ADJUST</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22098">Interpolate if there were removed channels</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22099">Re-reference to average</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22100">Re-checking the data for residual artifacts</div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22101"> </div><div style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22102">Whether  my reason to not remove bad channels if they are due to eye movements and running ICA  on them is correct?</div><div dir="ltr" style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22103">And how can l get sure that my process is correct and the data are really clean?</div><div dir="ltr" style="text-align:justify" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22104"><br id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22105"></div></div><div dir="ltr" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22106">l would be very grateful for your kind help. </div></div></div></div></div></div><div id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22113"></div></div><div></div><div id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_21979" dir="ltr"> </div><div class="m_5414161482234029146signature" id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22114">Best regards,<div id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22161">Zhaleh </div><div id="m_5414161482234029146yui_3_16_0_ym19_1_1500709388977_22162"><br></div></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br></div>