<div dir="ltr"><div>Dear all,<br><br><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;display:inline;float:none">I have 64 channel EEG data sampled at 2048Hz (SEPs and resting state EEG). I am going to apply ICA to remove artifacts and planning to make a pipeline for data processing. I have read from multiple sources about how to use ICA, but I am a bit confused, and would like to verify if I have understood the usage of ICA correctly. Following are the 2 pipelines I have come up with after reading about ICA from different tutorials.</span></div><div><br></div><div>Pipeline 1:</div><div>1. Load data (e.g. after running PREP pipeline)<br></div><div>2. Highpass filter 1Hz</div><div>3. Epoch</div><div>4. Reject Epochs<br></div><div>5. Downsample to 256Hz<br></div><div>6. Run ICA (with PCA, if any channels were interpolated)</div><div>7. Determine bad ICs</div><div>8. Load data (e.g. after running PREP pipeline) again<br></div><div>9. Highpass & lowpass filteration (if required)</div><div>10. Epoch</div><div>11. Apply ICA matrix calculated in step 6.</div><div>12. Remove bad ICs determined in step 7.</div><div>13. Epoch rejection (Is this required?)</div><div>14. Average epochs</div><div><br></div><div>Pipeline 2:</div><div>1. Load data (e.g. after running PREP pipeline)<br><div>2. Highpass filter 1Hz</div>3. Downsample to 256Hz<br><div>4. Run ICA (with PCA, if any channels were interpolated)</div><div><div>5. Epoch</div><div>6. Reject Epochs based on IC activations</div><div>7. Run ICA again on the pruned data (with PCA, if any channels were interpolated)</div><div>8. Determine bad ICs</div></div><div>9. Load data (e.g. after running PREP pipeline) again<br></div><div>10. Highpass & lowpass filteration (if required)</div><div>11. Epoch</div><div>12. Apply ICA matrix calculated in step 7.<br></div><div>13. Remove bad ICs determined in step 8.</div><div>14. Epoch rejection (Is this required?)</div><div>15. Average epochs</div><div><br></div><div>I would like to know if any of the above the 2 pipelines is correct? If not, which step(s) in the pipeline is to be modified or get its position changed. Have I mixed up things, and these pipelines are to be merged together (e.g. Pipeline1 steps 1 to 6 and Pipeline2 steps 6 to 15)?<br></div><div><br></div><div>I would also like to know:</div><div>1. Is running ICA after rejection of epochs correct (step 4 in Pipeline1, and step 6 in Pipeline2), as it will introduce discontinuity in the data. Although it has been mentioned in tutorials, e.g. in Makoto's preprocessing pipeline. I am missing some concept behind this as why this discontinuity will not affect ICA results.<br></div><div>2. Is it required to reject epochs after removing bad ICs from the data (step 13 in Pipeline1, and step 14 in Pipeline 2) because the epochs rejected in step 4 of Pipeline1, or step 6 of Pipeline2 will still be present in the data.<br></div><div>3. I would like to confirm if I understood fixing the rank of the data correctly when running ICA.</div><div>3a. If I have 64 channel average referenced data, will I give the PCA parameter = 63 in the runica function?</div><div>3b. If I have 64 channel data with 2 channels interpolated and is average referenced, will I give the PCA parameter = 61 in the runica function?</div><span class="gmail-Apple-converted-space"></span><br><div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Looking forward to the suggestions and comments. :)<br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Thanks.</div></div><div><br></div></div><div>-- <br><div class="gmail_signature">Regards,<br><br><br>M. Samran Navid.<br></div>
</div></div>