<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Hello Haiyang,</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">The recommendations from Makoto and his <a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Std_selectICsByCluster" target="_blank" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">Std_selectICsByCluster</a> tool are both pretty cool and useful, and kudos to you for giving them all a try.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">here's a few last points below, I hope they are helpful to you a little, they are only simple suggestions or reminders. You already seem like a strong eeglab user, so keep trying, you should find success slowly but surely. Hopefully we'll hear back from Mikayoshi-san when he has time, and he may provide useful clarifications or fixes.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">1. It's possible that the tool is not fully catching all problems, and you will probably have to wait until he has time to debug/fix it. That being said, it might be something you are doing wrong, but we can't know unless we had a lot of documentation on the tool.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">2. Good work on doing all those steps with script. I would ask if you ever did it with the GUI, and what did you find when you did things that way. It's usually helpful to try things first from the gui, and use eegh to understand the steps that are being done. It's very easy to miss something, or have an expectation that script-only will work out of the box. Generally speaking, script-only solutions will tend to have more bugs, and especially when using "extra tools".</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">3. I would recommend trying the normal study gubased clustering and pruning process, if you have the time and inclination.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">4. I would also recommend simply getting the IC's to be dropped per single-subject, and then looping through the single-subject files (not in study) and removing IC's that you don't want to keep from each single-subject file. Then load up these pruned single-subject files into a new study and see how far you can get.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">5. Last, you must take a closer look at the STUDY documentation and understand whether or not you are making a problem by asking it to do a design it cannot do. In essence, try a simpler design and/or be prepared to build your own study design by using single-subject data and using your own personally developed code (e.g., create matlab hypercube of all metrics you want, for each subject/condition/group, and apply stats functions to parts of the hypercube).</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">​Hi <br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">Thanks. <br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">I'm following makoto's preprocessing pipeline (data are not epoched before AMICA).<br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">For this part, I'm trying to reject non-EEG independent components via study design by following makoto (<a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Std_selectICsByCluster" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/wiki/<wbr>Std_selectICsByCluster</a>).<br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">I use scripts to create and load the study, precompute specturm, cluster all  ICs jsut by using spectra (then run 'eeglab redraw'). After that, I use the GUI to create the same number of clusters, plot spectra to write down the good ICs, and then launch the std_selectICsByCluster() plugin and enter the good cluster indices to save the .set files with only good ICs.  During these, no error comes out.<br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">However, (1) I found the produced .set files with only good ICs have the same sizes as the old (original) ones. Should the sizes of  .set files with only good ICs are smaller than the original ones since some (bad) ICs have beed deleted? <br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">(2), After the processing mentioned above, I tried to run std_plot_selectICsByCluster via GUI for the .set files with only good ICs, an error says 'Reference to non-existent field 'selectICsByCluster'.'<br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">In total, I'm not sure if I reject the non-EEG ICs as a group level filter correctly.​ BTW, my experiment is a 2*4*2 winthin-subject design. <br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">Thanks again.<br></p><span class="gmail-im" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Haiyang<br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br></p><div id="gmail-m_-6827352655098879650Signature"><div name="divtagdefaultwrapper"><hr style="color:rgb(33,33,33);display:inline-block;width:878.078px"><span style="color:rgb(33,33,33)"></span><div id="gmail-m_-6827352655098879650divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color:rgb(33,33,33)"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Tarik S Bel-Bahar <<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com" target="_blank">tarikbelbahar@gmail.com</a>><br><b>Sent:</b> <span class="gmail-aBn" tabindex="0"><span class="gmail-aQJ">Monday, 9 October 2017 7:46</span></span><br><b>To:</b> Haiyang Jin<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br><b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] selectICsByCluster -- two within-subject conditions</font><div class="gmail-yj6qo gmail-ajU"><div id="gmail-:24w" class="gmail-ajR" tabindex="0"><img class="gmail-ajT" src="https://ssl.gstatic.com/ui/v1/icons/mail/images/cleardot.gif" style="opacity: 0.3;"></div></div><div class="gmail-adL"></div><div class="gmail-adL"> </div><div class="gmail-adL"></div></div><div class="gmail-adL" style="color:rgb(33,33,33)"><div class="gmail-adm"></div><div class="gmail-im"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Hello Haiyang,</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Overall i believe you are probably correct, but Makoto can get back to you later.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Can you provide more detailed information here? </div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Which function are you referring to, and are you accessing it via the STUDY GUI or via a script only ?</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">What have you tried that does work ?</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">You can also review STUDY documentation online to determine if STUDY is limited in this way.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 5, 2017 at 2:55 AM, Haiyang Jin <span dir="ltr"><<a href="mailto:haiyang.jin@auckland.ac.nz" target="_blank">haiyang.jin@auckland.ac.nz</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Hi Makoto<br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Just to confirm that two within-subject conditions are not supported by selectICsByCluster. <br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">For example, a experiment design with stimulus (face vs house) and orientation (upright and inverted) is not support by the selectICsByCluster. <br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Kind regards<br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Haiyang<span class="gmail-m_-6827352655098879650HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></p><span class="gmail-m_-6827352655098879650HOEnZb"><font color="#888888"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br></p><div id="gmail-m_-6827352655098879650m_190766326125749387Signature"><div name="divtagdefaultwrapper">Haiyang Jin<div>Ph.D Candidate</div><div>Visual Cognition Lab</div><div>Cognitive Psychophysiology Lab</div><div>School of Psychology</div><div>The University of Auckland</div></div></div></font></span></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/ee<wbr>glabmail.html</a><br>To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.uc<wbr>sd.edu</a><br>For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.e<wbr>du</a><br></blockquote><div><br></div></div></div></div></div></div></div></span></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div></div>