<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Hello Alexandrea, here are some brief notes for you below. Thanks for sharing about your progress and solutions, so that other users on the list can benefit from your experiences.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">**********BEGIN NOTES FOR ALEXANDREA</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">My understanding is that eeglab requires epochs to be the same length, both for single-subject analysis, and for a specific eeglab STUDY design. If you are not familiar with eeglab, remember to work with the eeglab tutorial and tutorial data first, and attempt some of your tests on that data.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">I would generally just recommend that you do analyses separately for each of the three kinds of epochs, <br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">One of your possible paths is to simply make three different kinds of single-subject files, with all epochs for one kind of epoch length in one file, the other epoch length in a different file, and the other epoch length in a different file. And then show  the results for each of three different kinds of delays side by side. Once you get to that point, you could investigate a way to compare for differences across the epoch lengths on whatever EEG metric you are focused on.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Alternatively you can just analyze all epochs just as -200 to 500, and just keep track of which ones come from different length epochs. So that means cutting down the longer epochs. In this way to you take a "common chunk" from within each kind of epoch.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Alternatively, you can select a period of about, for example, ~500 ms from within each kind of epoch, and do baselining of that common-length period via code rather than the eeglab gui. In this way to you take a "common chunk" from within each kind of epoch.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">My understanding is that the current study allows you to load continuous single-subject files and to make different kinds of epochs there. See past eeglablist comments on that. Makoto has also mentioned that several times. I usually don't use that method, but it could work for you. Most likely you would still need to have different epoch lengths be associated with different study designs. Check in the current online study documentation and eeglab developers for more info about that too.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">There are various ways to extract epochs with variable time-length, you would have to attempt that via your own matlab code. For example, you would just have a matrix of your epochs, and some of the epochs would be longer and some would be shorter. So for the shorter epochs there would be no data in the timebins after 500 ms. Via this method (or similar ones), you would at least be able to get ERPs/ERSPs across a common time period across all epochs. This path requires that you have matlab expertise and can access eeglab functions outside of eeglab, calling them as you need to, and feeding them matrices of data that you create with your own code.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">If you're having trouble conceptualizing how to do this analyses, your best bet is to read articles that have used the same protocol and have done analyses of these different epoch lengths. If you review ~10 articles that have done this, you should have a better idea regarding how to go about analyses, and how they dealt with variable-length epochs.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">In the end, you might just have a single number that reflects an EEG metrics at a particular band for each kind of epoch.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">For baselining, you should not have a problem, just use the -200 to 0 baseline for each kind of epoch. If you've already collected the data, you can't change the baseline. Yes, it is possible that you may want different baselines for the three different kinds of epochs, but I don't think so.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">another option, though I would not recommend it, would be to "somehow" compress the data from the longer periods (perhaps by downsampling) and thus "squishing them all to the same size.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">If you are having trouble just doing basic binning/epoching, you should be able to create new events in the continuous data that signify the onset of each of the three different kinds of epochs. Then you would be able to create single-subject epoched files for each of the three different kinds of epochs (3 different epoched files), and/or epoch on those three different kinds of events, but with the same start/end length of the epoch.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">One may also want to see if erplab or fieldtrip or brainstorm allow variable epoch lengths. <br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 20, 2017 at 12:09 PM, Alexandrea Kilgore-Gomez <span dir="ltr"><<a href="mailto:akilgoregomez@nevada.unr.edu" target="_blank">akilgoregomez@nevada.unr.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.800000190734863px">Dear eeglablist, </div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px">I have been having issues binning trials of an experiment with different delay durations. The experiment deals the maintenance period during working memory by presenting a set size of three items and asking whether or not the the probe is old or new after a delay. The delay periods are variable, with durations of 500, 900, and 1500 ms and randomized within a single session. The time period of interest is -200 ms to 500, 900, or 1500 ms. </div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px">I want to be able to analyze the EEG data from the same file instead of recording and saving each delay duration separately, a task I have been unsuccessful at thus far. I am also concerned about baseline corrections with different delay durations. </div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px">Is there a way to extract epochs with variable time-length from the same session? I have two overall questions: How do I bin this experiment? and How do I go about epoching the continuous data with different delay durations? Any help would be greatly appreciated.</div><div style="font-size:12.800000190734863px"><b><br></b></div><div style="font-size:12.800000190734863px">Thanks in advance,</div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px">Alex</div><div><br></div>
</div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br></div>