<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Eric, <br></div><div><br></div><div>I used to get similar errors before with the GUI. For some reason, the version through GUI needs pre-existing parameter files in the directory. Try using the below code to run AMICA. <br></div><div>Hope this helps.<br></div><div>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br></div><div>directory = 'K:\'; % Change this directory to where you want to place the results of AMICA <br>seeg = ALLEEG(i); % Change i to the dataset number you want to run AMICA on<br>[weights, sphere,mods] = runamica15(seeg.data, 'numprocs' , 2, 'max_threads', 4);<br>EEG.etc.amicaResultStructure = loadmodout15(directory);<br>EEG.icaweights = EEG.etc.amicaResultStructure.W;<br> EEG.icasphere  = EEG.etc.amicaResultStructure.S;<br>EEG = eeg_checkset(EEG, 'ica');<br>EEG.icaact = (EEG.icaweights*EEG.icasphere)*EEG.data(EEG.icachansind,:);<br></div>eeglab redraw<br>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br><br></div>Best<br></div>Nike<br><div><div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 24, 2017 at 12:30 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Send eeglablist mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://sccn.ucsd.edu/mailman/listinfo/eeglablist" rel="noreferrer" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/mailman/<wbr>listinfo/eeglablist</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:eeglablist-owner@sccn.ucsd.edu">eeglablist-owner@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of eeglablist digest..."<br>
<br>Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Trouble running AMICA (Tarik S Bel-Bahar)<br>
<br><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: Tarik S Bel-Bahar <<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com">tarikbelbahar@gmail.com</a>><br>To: Eric Rawls <<a href="mailto:elrawls@email.uark.edu">elrawls@email.uark.edu</a>><br>Cc: eeglablist <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Bcc: <br>Date: Sat, 21 Oct 2017 12:06:40 -0700<br>Subject: Re: [Eeglablist] Trouble running AMICA<br><div dir="ltr"><div style="color:rgb(51,51,153)">Hi Eric, if you haven't yet, first google eeglablist and AMICA for past users who have had issues with running AMICA.</div><div style="color:rgb(51,51,153)">Also feel free to pass the question on the AMICA developer Dr.Palmer, with extra details about your setup and steps.</div><div style="color:rgb(51,51,153)">Once and if you find a solution please circle back to the list so that other users can learn from your experience/solution.</div><div style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div style="color:rgb(51,51,153)"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 11, 2017 at 2:40 PM, Eric Rawls <span dir="ltr"><<a href="mailto:elrawls@email.uark.edu" target="_blank">elrawls@email.uark.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div>I am interested in trying Jason Palmer's AMICA algorithm out but I am having trouble getting it to run in any form. When I try running it from the gui with defaut settings, I get the output:</div><div><br></div><div><div>Found datfile</div><div>mkdir: /Users/admin/path_to_data/amic<wbr>aout/: File exists</div><div>           1 processor name = local-705.local</div><div>           1 host_num =    125801682</div><div> This is MPI process           1 of           1 ; I am process           1 of</div><div>           1 on node: local-705.local</div><div>           1  : node root process           1 of           1</div><div>Processing arguments ...</div><div> num_files =            2</div><div> FILES: </div><div> /Users/admin/path_to_data/dat<wbr>a.fdt</div><div> num_dir_files =            1           1</div><div> initial matrix block_size =          128</div><div> do_opt_block =            0</div><div> blk_min =          256</div><div> blk_step =          256</div><div> blk_max =         1024</div><div> number of models =            1</div><div> max_thrds =            2</div><div> use_min_dll =            1</div><div> min dll =   1.000000000000000E-009</div><div> use_grad_norm =            1</div><div> min grad norm =   1.000000000000000E-007</div><div> number of density mixture components =            3</div><div> pdf type =            0</div><div> max_iter =         2000</div><div> Error: num_samples entries is less than num_files in paramfile</div><div>No gm present, setting num_models to 1</div><div>No W present, exiting</div><div>Reference to non-existent field 'W'.</div><div><br></div><div>Error in runamica15 (line 873)</div><div>    weights = mods.W(:,:,1);</div><div><br></div><div>Error in pop_runamica (line 239)</div><div>    [W,S,mods] = runamica15(datfile,arglist{:})<wbr>;</div><div> </div><div>Error while evaluating Menu Callback</div></div><div><br></div><div><br></div><div>When I call runamica15 ( [EEG.icaweights EEG.icasphere] = runamica15(EEG)) directly, same message. I tried downloading the binary again in case that was the issue but no luck. What am I doing wrong here?</div><span class="gmail-m_-4817802267090369685HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Eric Rawls</div><div>Graduate Research Assistant</div><div>University of Arkansas</div></font></span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/ee<wbr>glabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.uc<wbr>sd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.e<wbr>du</a><br></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
eeglablist mailing list <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br>
Eeglablist page: <a href="http://www.sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sccn.ucsd.edu/<wbr>eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsub@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsub@sccn.ucsd.edu</a><br>
To switch to non-digest mode, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-nodigest@sccn.ucsd.edu">eeglablist-nodigest@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><font color="#6633ff" face="georgia,serif"><a href="http://goog_636235333" target="_blank">G Nike Gnanateja</a></font></div><div><font color="#6633ff" face="georgia,serif">Ph.D Candidate,</font></div><div><font color="#6633ff" face="georgia,serif">Department of Audiology, </font></div><div><font color="#6633ff" face="georgia,serif">All India Institute of Speech</font></div><div><font color="#6633ff" face="georgia,serif">and Hearing Mysore-06</font></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div>