<div dir="ltr">My understanding is that a baseline of NaN means that there is no baseline, whereas an empty baseline value uses the average as a baseline. This baselining, however, is independent of the bootstrapping. If you are not inputting a baseline vector into bootstat, then I believe it just tests the ERSP against an average baseline. I've been calling bootstat directly, outside of the GUI/pop_newtimef or newtimef, so I don't know off hand if it is possible to add this baseline vector to bootstat as an input in the GUI / pop_newtimef / newtimef. I've been asking several questions about ERSP statistics myself, so if you search for my question on the mailing list, my thought process and the comments I've received may be helpful. That being said, I am also in the process of trying to understand things, so don't take what I'm saying as the end-all-be-all.<div><br></div><div>If I am interpreting things correctly, I think that it does not matter per se how you've baselined the ERSP prior to running the bootstrap statistic, so long as it makes sense for what you are trying to do- in other words, I think that's just an empirical or theoretical question. Likewise, whether the bootstrap statistic should be tested against an average baseline or a specific window of the ERSP seems like an empirical/theoretical question to me. </div><div><br></div><div>I guess the long and short of it is to make sure you are doing whatever makes the most empirical or theoretical sense for you, and that how you baseline the ERSP is separate from what baseline you use to statistically test against your ERSP.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Max</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 6, 2017 at 2:03 PM, Tarik S Bel-Bahar <span dir="ltr"><<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com" target="_blank">tarikbelbahar@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:#333399">Hello Nabi, </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">1. I'm not 100% sure, but the significance levels are probably significant compared to the baseline you have set. If you have no baseline set, they are probably set to the whole time period. You probably want to play around setting the baseline to different settings, in order to get a better feel for how the ersp baselining and significance works. If you have not had a chance to yet, beginning users can really benefit from working first with the eeglab tutorial data, and again playing around with the settings in the ersp function gui. </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">2. If you have not had a chance to yet, you want to look thoroughly through the documentation for the ERSP function (type help or doc and Name-of-function in matlab command window, or click the Help button in the ersp function window).</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">3. When you have a solution, please share it with the list as a followup post, so that other list users can benefit from your experiences.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 3, 2017 at 7:21 AM, Nabi Rustamov <span dir="ltr"><<a href="mailto:nabi.rustamov@yahoo.com" target="_blank">nabi.rustamov@yahoo.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-family:Helvetica Neue,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:10px"><div style="font-family:Helvetica Neue,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:10px"><div><p class="m_4164345106227337880m_737429512164025970ydpadcb4beyiv8950843158ydp1b5abd0yiv7674848366ydp228efcb6MsoNormal" style="font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:10px"><span lang="EN-CA" style="font-size:12pt;line-height:17.12px">Hello</span></p><p class="m_4164345106227337880m_737429512164025970ydpadcb4beyiv8950843158ydp1b5abd0yiv7674848366ydp228efcb6MsoNormal" style="font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:10px;margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal"><span lang="EN-CA" style="font-size:12pt">Can you please let me know how setting the significance level for the ERSPs </span><span style="font-size:12pt">works?</span></p><p class="m_4164345106227337880m_737429512164025970ydpadcb4beyiv8950843158ydp1b5abd0yiv7674848366ydp228efcb6MsoNormal" style="font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:10px;margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt">I am plotting an ERSP with actual values using 'baseline' NaN function and setting the significance level </span><span lang="EN-CA" style="font-size:12pt">using the function </span><span style="font-size:12pt">'alpha',0.001. The signals that remain after setting the significance level are significant compared to what? I have the same question about ERSP plots with dB.</span></p><p class="m_4164345106227337880m_737429512164025970ydpadcb4beyiv8950843158ydp1b5abd0yiv7674848366ydp228efcb6MsoNormal" style="font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:10px;margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt">Thanks,</span></p><p class="m_4164345106227337880m_737429512164025970ydpadcb4beyiv8950843158ydp1b5abd0yiv7674848366ydp228efcb6MsoNormal" style="font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:10px;margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt">Nabi      </span></p><br></div></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/ee<wbr>glabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.uc<wbr>sd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.e<wbr>du</a><br></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="font-size:small"><div>Max Cantor<br></div>Graduate Student</div><div style="font-size:small">Cognitive Neuroscience of Language Lab</div><span style="font-size:small">University of Colorado Boulder</span><br></div></div>
</div>