<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Dear Mahsa,</p>
    <p>Use a 1 Hz high-pass filter and get rid of non-stereotypical
      segments (and bad channels, if you have any) before submitting the
      data to ICA, this can dramatically improve decomposition quality.
      Avoid PCA dimensionality reduction. You can apply the unmixing
      weights to the unfiltered raw data and thereby correct blinks from
      near-DC signals of interest, like this: <br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p>EEG2 = pop_firws(EEG, ...); % submit only continuous data to hp
      filter<br>
    </p>
    <p>EEG2 = eeg_regepochs(EEG2); % segment data into 1sec epochs</p>
    <p>EEG2 = pop_jointprob(EEG2,...); % get rid of those epochs
      containing non-stereotypical artifacts<br>
    </p>
    <p>EEG2 = pop_rejkurt(EEG2,...);<br>
    </p>
    <p>EEG2 = pop_runica(EEG2, ...); % run ICA on pruned, high pass
      filtered data<br>
    </p>
    <p>EEG.icaweights = EEG2.icaweights; % apply decomposition weights
      to raw data. <br>
    </p>
    EEG.icasphere = EEG2.icasphere; % Since unmixing weights are W =
    EEG.icaweights * EEG.icasphere, update both fields!<br>
    <p>clear EEG2;<br>
    </p>
    <p>EEG = eeg_checkset(EEG);<br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p>The following paper includes a toy example (figure 3) and a
      proper evaluation of the benefits of hp filtering:</p>
    <meta charset="utf-8">
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26737196">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26737196</a><br>
    <br>
    Note that the eye blink ICA will not contribute zero voltage in
    between blink events. Whether this is due to imperfect unmixing,
    miniscule eye movements/saccades, or (most likely) both, is not
    entirely clear. In my experience, proper preprocessing improves
    both, eye blink attenuation sensitivity and attenuation specificity
    to an extent that is difficult to reach with other correction
    procedures. <br>
    <br>
    Best,
    <p>Stefan<br>
    </p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">Am 10.11.17 um 00:54 schrieb mahsa
      shalchy:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAAouN=cqcViExQnZnprXK93gyNQzQ3TYR=8S6hk0j1=181AfiQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <div dir="ltr">Dear Experts,
        <div><br>
        </div>
        <div>I am trying to correct EEG data blinks and saccades using
          ICA, however, in some cases (i.e. when the subject is double
          blinking), ICA finds multiple eye related components. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>The problem is that except for the main blink component,
          other eye contaminated ICs, have neural information and I can
          not easily discard them ( please find an image of ICs here:</div>
        <div><a moz-do-not-send="true"
href="https://www.dropbox.com/sh/qjz2v3ke6zdr1j1/AABoSzG4s6ZyAlUz_vYC8slsa?dl=0">https://www.dropbox.com/sh/qjz2v3ke6zdr1j1/AABoSzG4s6ZyAlUz_vYC8slsa?dl=0</a>)</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I tried using PCA before ICA but it didn't seem to work. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>For the preprocessing I did the following steps before
          applying ICA:</div>
        <div>Resampling, Filtering (0.1-40), re-referencing to average
          mastoids,epoching.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I highly appreciate your help on this problem.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Many thanks,</div>
        <div>Mahsa</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Eeglablist page: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a>
To unsubscribe, send an empty email to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Prof. Dr. Stefan Debener
Department of Psychology
Neuropsychology Lab
University of Oldenburg
D-26111 Oldenburg
Germany

Office: A7 0-038
Phone: +49-441-798-4271
Fax:   +49-441-798-5522
Email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:stefan.debener@uni-oldenburg.de">stefan.debener@uni-oldenburg.de</a>

</pre>
  </body>
</html>