<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:#333399">Sean, brief notes below. </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">*if epoching occurs, it's usually for cleaning purposes (to detect brief artifact periods), or isolating times of interest for entry into ICA (e.g., specific epochs around a stimulus onset). ICA doesn't require epochs as it mixes up time points anyway, as with eeglab it's looking for spatial stabilities.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">*within eeglab, you can generate an ICA solution (from properly cleaned data, etc..) and then apply it to the unepoched data, and then remove bad ICs.Just make sure you use data with the same number of channels, and ideally from the "just before the epoching for cleaning" step.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">the application of an ICA solution from one file to another is accessible via the GUI if two files are loaded into memory, and of course, a script can be generated by using eegh.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">*I'm not sure what you mean by two ICAs, but if you mean running an ICA, dropping ICs, and then running ICA again, I don't think this is recommended nor required. If you see it in high-quality studies, however, you have a precedent to cite for reviewers.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">*Also </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><span style="color:rgb(51,51,153);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">if you haven't had a chance to yet:</span></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">reviewing makotos pipeline suggestions and googleing eeglab list + your topic  may be helpful.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">take a quick look at ASR plugin for interesting alternative </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 23, 2018 at 12:52 PM, Sean Gilmore <span dir="ltr"><<a href="mailto:sean.gilmore@ryerson.ca" target="_blank">sean.gilmore@ryerson.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">I am currently preprocessing my data using ICA to prep the data for time-frequency analysis. My stimuli was administered for ~54 seconds and so I am defining each epoch as [1 54] seconds after each trigger. I intend to examine the time-frequency information contained across these epochs, specifically examining the power of the frequency spectrum. <div><br></div><div>I have been reading about conducting two ICA in order to obtain clean ICs. To do this I have seen some people sub-dividing their epochs into  smaller epochs as to prevent the rejection of large amounts of data when rejecting artifactual epochs. I would like to implement this pipeline as it seems like a good way to clean the data without having to discard large amounts of data.</div><div><br></div><div>My concern is with rejecting smaller sections of the larger epochs and how this will effect time-frequency decompositions. For example, If I ran a FFT on a epoch which had smaller sections removed (due to the presence of artifacts) would this effect the legitimacy of the results? Likewise, how would this effect my ability to obtain phase values from the epoch? </div><div><br></div><div>Please let me know. </div><div><br></div><div><br></div><div>Cheers</div><div>
<div dir="auto" style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div dir="auto" style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div dir="auto" style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:14px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">-</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:14px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Sean Gilmore, M.A. candidate</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:14px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Department of Psychology</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:14px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Ryerson University</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:14px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:14px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><br></div><br class="m_5107675909845565062Apple-interchange-newline"></div></div><br class="m_5107675909845565062Apple-interchange-newline"></div><br class="m_5107675909845565062Apple-interchange-newline"><br class="m_5107675909845565062Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br></div>