<div dir="ltr">Thanks Luca for your prompt response.<div>Ramtin, it's a good chance to ask anything to Luca :-)</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Jul 31, 2018 at 4:17 PM Luca Cocchi <<a href="mailto:Luca.Cocchi@qimrberghofer.edu.au">Luca.Cocchi@qimrberghofer.edu.au</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="m_-9198034393350090432WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Hi Makoto, I trust you are well. Let’s see if I can help:
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">The initial threshold (F or T values) should be defined based on the expected effect size of the effect of interest. It is not a good practice to choose the threshold arbitrarily
 or explore a large range of possible thresholds. Technically, exploring a range of thresholds introduces an additional multiple comparison problem. In its essence, the approach used in the NBS (initial thresholding and subsequent cluster statistic on surviving
 edges) is not different from what is done in other popular analysis packages (e.g., SPM, recommended search threshold of p<0.001).
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">In the field called “Significance” the user can define the desired NBS (network-wise FWE corrected) threshold. Typically, this threshold is set to 0.05. Just to be clear, this
 is not the initial “search” threshold but the threshold ascribed to define a significant network at the given value. Note that significance is ascribed at the level of the whole network and not individual edges.     <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Further information can be found in the NBS manual and the related forum.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Cheers, Luca<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>>
<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, August 1, 2018 3:26 AM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:R.Mehraram2@newcastle.ac.uk" target="_blank">R.Mehraram2@newcastle.ac.uk</a>; Luca Cocchi <<a href="mailto:Luca.Cocchi@qimrberghofer.edu.au" target="_blank">Luca.Cocchi@qimrberghofer.edu.au</a>>; <a href="mailto:andrewzalesky@gmail.com" target="_blank">andrewzalesky@gmail.com</a><br>
<b>Cc:</b> EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] Network Based Statistics (NBS) thresholds<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear Andrew and Luca,<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">It's been a while since we met in Tokyo. How are you doing? I wonder if you have time to kindly help Ramtin.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Makoto<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, Jul 26, 2018 at 2:33 AM Ramtin Mehraram (Student) <<a href="mailto:R.Mehraram2@newcastle.ac.uk" target="_blank">R.Mehraram2@newcastle.ac.uk</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Hi all,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">I am struggling in understanding what the threshold values in the NBS toolbox mean. I hope you can help me.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">To my knowledge, the value which in the toolbox GUI is defined as “Threshold” should be arbitrarily chosen, but I am not sure in which way that value influences
 the output. Is it a threshold on the t values?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">On the bottom, there is a field called “Significance”, which is supposedly the max p-value to be considered significant. However I change that value, the output
 seems not to be affected at all, showing always p<0.001 in the viewer window.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Am I missing something?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Thank you in advance for your help.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">B.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a"> </span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a">Ramtin Mehraram</span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a">PhD Student @ramtinTVT</span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a">Biomedical Research Building 3rd floor</span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a">Institute of Neuroscience</span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a">Newcastle University</span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a">NE4 5PL, United Kingdom</span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a"><a href="http://www.lewybodylab.org/" target="_blank"><span style="color:#0563c1">www.lewybodylab.org</span></a></span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#44546a"><a href="https://www.newcastlebrc.nihr.ac.uk/research-themes/dementia/" target="_blank"><span style="color:#0563c1">https://www.newcastlebrc.nihr.ac.uk/research-themes/dementia/</span></a></span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">
eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">
eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Makoto Miyakoshi<br>
Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San Diego<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>