<div dir="ltr">Hi Jason,<div><br></div><div>Thank you for your input. I am interpolating channels prior to ICA, but I was under the impression that pcakeep was reducing the data rank automatically, but I am now realizing I probably need to set it to match the number of channels minus the interpolated channels. Could this explain why it performing differently on the same dataset - namely, working sometimes and failing others? </div><div><br></div><div>I'll try setting the pcakeep to the exact number of channels after interpolation and see where that gets me. Would you recommend trying that before adjusting the mineig setting?</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Kelly</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 13, 2018 at 4:15 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:japalmer29@gmail.com" target="_blank">japalmer29@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="m_-3903325662119513935WordSection1"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Hi Kelly,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">I’m not sure what is causing the illegal instruction error, but it may be related somehow to the fact that the data is not well conditioned (minimum eigenvalues are around 1e-12), and Amica is not reducing the dimension. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Two things you might try: (1) add the keyword runamica15( ……, ‘mineig’, 1e-9, …) to the amica function call. The default mineig may be too low to reduce the dimensions …. There may also be a problem with the mineig processing in your binary version which this may help to uncover …<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">You can also use the keyword ….., ‘pcakeep’, EEG.nbchan – 3, …. Usually you only need to reduce by one dimension (and it is done automatically) due to avg reference, but you have multiple dimensions of eigenvalue size around 1e-12 ….. are you doing channel interpolation before running Amica? ….<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Hope that is helpful, let me know how it goes.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Best,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Jason<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Kelly Michaelis <<a href="mailto:kcmichaelis@gmail.com" target="_blank">kcmichaelis@gmail.com</a>> <br><b>Sent:</b> Thursday, September 13, 2018 12:54 AM</span></p><div><div class="h5"><br><b>To:</b> <a href="mailto:japalmer29@gmail.com" target="_blank">japalmer29@gmail.com</a><br><b>Cc:</b> EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br><b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] AMICA Error on Mac<u></u><u></u></div></div><p></p><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Sure thing! Here you go:<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">pop_loadset(): loading file /Users/kcm73/Documents/<wbr>WordsInNoiseProject/EEGData/<wbr>CohenPipeline/NewPreproc/<wbr>S13newpreproc/preICAfiles/<wbr>S1302postASRpreICA.set ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Reading float file '/Users/kcm73/Documents/<wbr>WordsInNoiseProject/EEGData/<wbr>CohenPipeline/NewPreproc/<wbr>S13newpreproc/preICAfiles/<wbr>S1302postASRpreICA.fdt'...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Writing data file: /Users/kcm73/Documents/<wbr>WordsInNoiseProject/EEGData/<wbr>tmpdata15761.fdt<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 processor name = NEUR-AD-UFDNMP.local<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 host_num =    258801812<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> This is MPI process           1 of           1 ; I am process           1 of<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 on node: NEUR-AD-UFDNMP.local<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1  : node root process           1 of           1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Processing arguments ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> num_files =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> FILES: <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> /Users/kcm73/Documents/<wbr>WordsInNoiseProject/EEGData/<wbr>tmpdata15761.fdt<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> num_dir_files =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> initial matrix block_size =          128<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> do_opt_block =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> blk_min =          256<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> blk_step =          256<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> blk_max =         1024<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> number of models =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> max_thrds =            2<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> use_min_dll =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> min dll =   1.000000000000000E-009<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> use_grad_norm =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> min grad norm =   1.000000000000000E-007<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> number of density mixture components =            3<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> pdf type =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> max_iter =         2000<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> num_samples =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> data_dim =          128<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> field_dim =       471339<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> do_history =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> histstep =           10<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> share_comps =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> share_start =          100<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> comp_thresh =   0.990000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> share_int =          100<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> initial lrate =   5.000000000000000E-002<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum lrate =   1.000000000000000E-008<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum data covariance eigenvalue =   1.000000000000000E-012<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> lrate factor =   0.500000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> initial rholrate =   5.000000000000000E-002<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rho0 =    1.50000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> min rho =    1.00000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> max rho =    2.00000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rho lrate factor =   0.500000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> kurt_start =            3<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> num kurt =            5<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> kurt interval =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> do_newton =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> newt_start =           50<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> newt_ramp =           10<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> initial newton lrate =    1.00000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> do_reject =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> num reject =           15<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> reject sigma =    3.00000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> reject start =            2<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> reject interval =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> write step =           20<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> write_nd =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> write_LLt =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> dec window =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> max_decs =            3<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> fix_init =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> update_A =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> update_c =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> update_gm =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> update_alpha =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> update_mu =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> update_beta =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> invsigmax =    100.000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> invsigmin =   0.000000000000000E+000<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> do_rho =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> load_rej =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> load_c =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> load_gm =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> load_alpha =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> load_mu =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> load_beta =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> load_rho =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> load_comp_list =            0<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> do_mean =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> do_sphere =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> pcakeep =          128<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> pcadb =    30.0000000000000     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> byte_size =            4<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> doscaling =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> scalestep =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">mkdir: /Users/kcm73/Documents/<wbr>WordsInNoiseProject/EEGData/<wbr>CohenPipeline/NewPreproc/<wbr>S13newpreproc/postICAfiles/<wbr>S1302amicaout/: File exists<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> output directory = <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> /Users/kcm73/Documents/<wbr>WordsInNoiseProject/EEGData/<wbr>CohenPipeline/NewPreproc/S13<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> newpreproc/postICAfiles/<wbr>S1302amicaout/<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : setting num_thrds to            2  ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : using           2 threads.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : node_thrds =            2<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> bytes in real =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : REAL nbyte =            1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> getting segment list ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> blocks in sample =       471339<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> total blocks =       471339<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> node blocks =       471339<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> node            1  start: file            1  sample            1  index <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> node            1  stop : file            1  sample            1  index <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">      471339<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : data =    25.3650321960449        10.1630601882935     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> getting the mean ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  mean =  -9.756913085498017E-002 -0.956047629660906     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  -1.47526619473147     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> subtracting the mean ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> getting the covariance matrix ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> cnt =       471339<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> doing eig nx =          128  lwork =       163840<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum eigenvalues =   1.149162121975516E-012  1.895431946218596E-012<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  4.236845509809919E-012<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> maximum eigenvalues =    9419.65839076655        2570.08584450239     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">   1758.66520615951     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> num eigs kept =          128<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> getting the sphering matrix ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum eigenvalues =   1.149162121975516E-012  1.895431946218596E-012<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  4.236845509809919E-012<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> maximum eigenvalues =    9419.65839076655        2570.08584450239     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">   1758.66520615951     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> num eigs kept =          128<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> sphering the data ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> numeigs =          128<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : Allocating variables ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : Initializing variables ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : block size =          128<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           1 : entering the main loop ...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> iter     1 lrate =  0.0500000000 LL =  -1.6698055110 nd =  0.0340860203, D =   0.67253E-01  0.67253E-01  (  4.88 s,   2.7 h)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Doing rejection ....<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> maximum likelihood value =   -1.36397350038783     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum likelihood value =   -14.1307674390157     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> average likelihood value =   -1.66980551096439     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> standard deviation       =   0.420485964745811     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejecting data with likelihood less than   -2.93126340520182     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejected         9503  data points so far. Will perform rejection           14 <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  more times at intervals of            1  iterations.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> iter     2 lrate =  0.0500000000 LL =  -1.4654950056 nd =  0.0288690764, D =   0.59194E-01  0.59194E-01  (  4.79 s,   2.7 h)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Doing rejection ....<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> maximum likelihood value =  -0.977157440409710     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum likelihood value =   -2.96524772054921     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> average likelihood value =   -1.46549500564456     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> standard deviation       =   0.303163728040875     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejecting data with likelihood less than   -2.37498618976719     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejected        18918  data points so far. Will perform rejection           13 <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  more times at intervals of            1  iterations.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> iter     3 lrate =  0.0500000000 LL =  -1.3926954878 nd =  0.0275011071, D =   0.58424E-01  0.58424E-01  (  4.70 s,   2.6 h)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Doing rejection ....<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> maximum likelihood value =  -0.777762136563562     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum likelihood value =   -2.55766743708507     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> average likelihood value =   -1.39269548775611     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> standard deviation       =   0.319846000043196     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejecting data with likelihood less than   -2.35223348788570     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejected        24174  data points so far. Will perform rejection           12 <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  more times at intervals of            1  iterations.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> iter     4 lrate =  0.0500000000 LL =  -1.3632471401 nd =  0.0290695735, D =   0.94839E-01  0.94839E-01  (  4.66 s,   2.6 h)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Doing rejection ....<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> maximum likelihood value =  -0.686256773219760     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum likelihood value =   -2.43842460366318     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> average likelihood value =   -1.36324714013545     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> standard deviation       =   0.330772484995092     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejecting data with likelihood less than   -2.35556459512072     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejected        26716  data points so far. Will perform rejection           11 <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  more times at intervals of            1  iterations.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> iter     5 lrate =  0.0500000000 LL =  -1.3482726930 nd =  0.0288899726, D =   0.18201E+00  0.18201E+00  (  4.61 s,   2.6 h)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Doing rejection ....<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> maximum likelihood value =  -0.646418570096526     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum likelihood value =   -2.39934446681889     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> average likelihood value =   -1.34827269296910     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> standard deviation       =   0.336117397856749     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejecting data with likelihood less than   -2.35662488653935     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejected        27789  data points so far. Will perform rejection           10 <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  more times at intervals of            1  iterations.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> iter     6 lrate =  0.0500000000 LL =  -1.3390648637 nd =  0.0275633419, D =   0.31228E+00  0.31228E+00  (  4.61 s,   2.6 h)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Doing rejection ....<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> maximum likelihood value =  -0.627721013095301     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> minimum likelihood value =   -2.38360832281495     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> average likelihood value =   -1.33906486365062     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> standard deviation       =   0.339889548496796     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejecting data with likelihood less than   -2.35873350914101     <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> rejected        28210  data points so far. Will perform rejection            9 <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  more times at intervals of            1  iterations.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">/Users/kcm73/Documents/<wbr>WordsInNoiseProject/EEGData/<wbr>eeglab14_1_2b/plugins/AMICA1.<wbr>5/amica15mac /Users/kcm73/Documents/<wbr>WordsInNoiseProject/EEGData/<wbr>CohenPipeline/NewPreproc/<wbr>S13newpreproc/postICAfiles/<wbr>S1302amicaout/input.param: Illegal instruction<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">No gm present, setting num_models to 1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">No W present, exiting<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Reference to non-existent field 'W'.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Error in runamica15 (line 873)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    weights = mods.W(:,:,1);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Error in runAMICAonfiles (line 62)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            runamica15(EEG.data, 'num_chans', EEG.nbchan,...<u></u><u></u></p></div></div></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Wed, Sep 12, 2018 at 11:50 AM, <<a href="mailto:japalmer29@gmail.com" target="_blank">japalmer29@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Hi Kelly, </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Thanks, but could you past the output from the command line (including the MPI, etc. output, and up to the point where it fails)?</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">… It would be helpful to see the output of all the parameter values used and relative the minimum covariance eigenvalues, and where it fails exactly ….</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Thanks,</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Jason</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Kelly Michaelis <<a href="mailto:kcmichaelis@gmail.com" target="_blank">kcmichaelis@gmail.com</a>> <br><b>Sent:</b> Thursday, September 13, 2018 12:07 AM<br><b>To:</b> <a href="mailto:japalmer29@gmail.com" target="_blank">japalmer29@gmail.com</a><br><b>Cc:</b> EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br><b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] AMICA Error on Mac</span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">Hi Jason,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">The text output from a failed run is attached. With this particular file, I ran the same script again and now it appears to be working. The issue is I can't predict when Amica will fail, and I need to run lots of files through it. Let me know if you have any suggestions.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Kelly<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Wed, Sep 12, 2018 at 10:56 AM, <<a href="mailto:japalmer29@gmail.com" target="_blank">japalmer29@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Hi Kelly,</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Could you provide the text output of Amica on the run(s) where it fails?</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Thanks,</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Jason</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> eeglablist <<a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.<wbr>edu</a>> <b>On Behalf Of </b>Kelly Michaelis<br><b>Sent:</b> Tuesday, September 11, 2018 6:49 AM<br><b>To:</b> EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br><b>Subject:</b> [Eeglablist] AMICA Error on Mac</span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Hi everyone,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I have been running into this error with AMICA on mac Sierra 10.12.6 using EEGLAB version 14_1_2b. Most of time it works just fine, but then on some files it fails and I can't figure out why. The files on which it fails don't seem to be different in any observable way. I installed AMICA through the GUI, and I have tried uninstalling and reinstalling to no avail.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I'm hoping one of you can help.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">My script was adapted from <a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_useful_EEGLAB_code" target="_blank">Makato's script </a>and is as follows (no spaces in path):<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">for iFile = iFiles<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">          disp(['starting subject' currentSub 'file' num2str(iFile)])<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">          curoutfname = ['S' currentSub '0' num2str(iFile)  'postASRpostICA.set'];<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">          <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">          cutfulloutputfname = fullfile(postICAdir,<wbr>curoutfname); % so we can check if an output file exists already (so we can potentially bail on this iteration of a loop so we don't redo work)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">          if exist(cutfulloutputfname,'<wbr>file')<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">              disp(['File ' cutfulloutputfname ' already exists, bailing...'])<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">              continue % break? <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">          end<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">          <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            %reload to clear<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            eeglab<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            EEG = pop_loadset('filename',['S' currentSub '0' num2str(iFile)  'postASRpreICA.set'],'<wbr>filepath',preICAdir);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            %  Run AMICA using calculated data rank with 'pcakeep' option<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            if isfield(EEG.etc, 'clean_channel_mask')<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">                dataRank = min([rank(double(EEG.data')) sum(EEG.etc.clean_channel_<wbr>mask)]);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            else<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">                dataRank = rank(double(EEG.data'));<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            end<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            amicaoutdir = fullfile(postICAdir,['S' currentSub '0' num2str(iFile)  'amicaout']);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            runamica15(EEG.data, 'num_chans', EEG.nbchan,...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">                'outdir', amicaoutdir, ... % [ postICAdir '/S' currentSub '0' num2str(iFile)  'amicaout'],...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">                'pcakeep', dataRank, 'num_models', 1,...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">                'do_reject', 1, 'numrej', 15, 'rejsig', 3, 'rejint', 1);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            EEG.etc.amica  = loadmodout15(amicaoutdir); % fullfile(postICAdir,['S' currentSub '0' num2str(iFile)  'amicaout']));<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            EEG.etc.amica.S = EEG.etc.amica.S(1:EEG.etc.<wbr>amica.num_pcs, :); % Weirdly, I saw size(S,1) be larger than rank. This process does not hurt anyway.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            EEG.icaweights = EEG.etc.amica.W;<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            EEG.icasphere  = EEG.etc.amica.S;<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            EEG = eeg_checkset(EEG, 'ica');<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">                    <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            EEG = pop_saveset( EEG, 'filename',curoutfname,'<wbr>filepath', postICAdir);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">           %EEG = pop_saveset( EEG, 'filename',['S' currentSub '0' num2str(iFile)  'postASRpostICA.set'],'<wbr>filepath', postICAdir);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            disp(['done with' currentSub 'file' num2str(iFile)])<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">     end<u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>