<div dir="ltr">Hi Akshay,<div><br></div><div>I think your approach would be fine. It's unclear from what you wrote if you apply ASR only or channels rejection too. If you do both channel rejection and ASR, you may choose to run clean_rawdata in two separate steps (1-channel rejection, 2-ASR), and perform step 1 above *after* channel rejection. This would take care of removing any bad channel in your externals, which may otherwise create problems with ICA later.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Francesco</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, Oct 22, 2018 at 3:15 AM Akshay Kumar <<a href="mailto:akshayksharma94@live.com">akshayksharma94@live.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_1089618002578186358divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Hi,</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">I have been following Makato's pipeline for EEG processing.<br>
As the pipeline wants me to run ASR before ICA and from previous discussions I got to know that ICA performs better when EOG channels are included with other EEG channels when having the same reference.</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">ASR removes EOG channels and previous discussions do not provide any concrete method to save EOG channels.</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">What I am thinking to save EOG channels is:</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"></p>
<ol style="margin-bottom:0px;margin-top:0px">
<li><span style="font-size:12pt"></span><span style="font-size:12pt">Make two copies of data.</span><br>
</li><li><span style="font-size:12pt">Run ASR on copy A and see what channels do the ASR removes apart from the EOG channels.</span></li><li><span style="font-size:12pt">In copy B, removes those channels manually from EEGLAB.</span></li><li><span style="font-size:12pt">Do ICA on copy B.</span></li></ol>
This way I removed the uncorrelated channels and saved the EOG channels as well.
<p></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Can you please advice on my approach?</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Thanks,</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Akshay</p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px"><div dir="ltr" style="font-size:small"><div style="font-size:12.8px"><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><div><div style="font-size:12.8px">Francesco Marini, PhD<br></div>Postdoctoral Research Associate<br>Swartz Center for Computational Neuroscience – UC San Diego,<br>& Psychology Department – University of Nevada Reno</div><div style="font-size:12.8px"><br></div></div><div style="font-size:small"><span style="font-size:12.8px">Personal website: <a href="http://fmarini.weebly.com/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">fmarini.weebly.com</a></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>