<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:#333399">Hello Akshay, not sure if you have received a response about your query. brief notes below:</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">You rereferencing scheme should  include only electrodes catching brain signal, and not EOG. </div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Include the EOG only if you have a good clear reason for doing so based on high-quality published ICA-EEG articles.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Note also that it is usual to not interpolate before average referencing, and to not interpolate before ICA.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Oct 23, 2018 at 3:24 AM Akshay Kumar <<a href="mailto:akshayksharma94@live.com">akshayksharma94@live.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr">
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
Hi,</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<br>
</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
This question has been discussed previously as well at:</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<a href="https://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/004650.html" class="m_8346670433830188751OWAAutoLink" id="m_8346670433830188751LPlnk744387" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/004650.html</a></p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
however, no concrete conclusion has been made.</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<br>
</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
This is my EEG processing pipeline:</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
</p>
<ol style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-bottom:0px;margin-top:0px">
<li><span style="font-size:12pt"></span>Do downsampling, bad channel rejection and interpolation</li><li>Re-reference data to average</li><li>Create -1000 to 2000 ms epochs and remove baseline</li><li>Reject outliers based on the absolute amplitude and variance</li><li>Use ICA to remove eye and muscle artifacts</li></ol>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr"><br>
</div>
No research paper, explicitly mention that in their pipeline if they included EOG channels while average referencing or not.</div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr">In my opinion, if I include EOG channels while average referencing, </div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr">eye movement, saccades artifacts along with other EOG electrode movement artifacts will be introduced in all channels including the occipital channel. ICA may or may not be able to remove them. </div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr">If I exclude <span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:16px">
EOG channels while average referencing</span>, EEG and EOG channels will be left with different referencing that itself is bad for ICA.</div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr"><br>
</div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr">Please advise if and <span>why include/ exclude EOG channels while average referencing</span>.</div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr"><br>
</div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr">Thanks,</div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr">Akshay Kumar</div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr"><br>
</div>
<div id="m_8346670433830188751divtagdefaultwrapper" dir="ltr"><br>
<div id="m_8346670433830188751LPBorder_GT_15402780995390.7643218536140348" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-bottom:20px;overflow:auto;width:100%;text-indent:0px">
<table id="m_8346670433830188751LPContainer_15402780995350.08665221237907006" cellspacing="0" style="width:90%;background-color:rgb(255,255,255);overflow:auto;padding-top:20px;padding-bottom:20px;margin-top:20px;border-top:1px dotted rgb(200,200,200);border-bottom:1px dotted rgb(200,200,200)">
<tbody>
<tr valign="top" style="border-spacing:0px">
<td id="m_8346670433830188751TextCell_15402780995360.15358946384132288" colspan="2" style="vertical-align:top;padding:0px;display:table-cell">
<div id="m_8346670433830188751LPRemovePreviewContainer_15402780995360.4924110826237251"><a id="m_8346670433830188751LPlnk880986" class="m_8346670433830188751ms-Icon--x m_8346670433830188751ms-icon-font-size-14 m_8346670433830188751OWAAutoLink" style="font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-weight:normal;padding:8px;float:right;color:rgb(102,102,102);background-color:rgb(233,251,241);margin-left:10px"></a></div>
<div id="m_8346670433830188751LPTitle_15402780995360.9886504801374687" style="color:rgb(0,114,57);font-weight:400;font-size:21px;font-family:wf_segoe-ui_light,"Segoe UI Light","Segoe WP Light","Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;line-height:21px">
<a id="m_8346670433830188751LPUrlAnchor_15402780995370.7042584150564013" href="https://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/004650.html" style="text-decoration:none" target="_blank">[Eeglablist] Should Average Reference Include Eye Channels?</a></div>
<div id="m_8346670433830188751LPMetadata_15402780995370.3138466600285712" style="margin:10px 0px 16px;color:rgb(102,102,102);font-weight:400;font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:14px;line-height:14px">
<a href="http://sccn.ucsd.edu" target="_blank">sccn.ucsd.edu</a></div>
<div id="m_8346670433830188751LPDescription_15402780995380.6585195127242349" style="display:block;color:rgb(102,102,102);font-weight:400;font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:14px;line-height:20px;max-height:100px;overflow:hidden">
Thank you very much Joe. I've copied and pasted critical sentences from your message to organize my response. "I definitely wouldn't drop the EOG channels until after you've dealt with the EOG artifacts in whatever manner."</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<br>
<br>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
</p>
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></blockquote></div>