<div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Myriam,<div><br></div><div>GREAT question! I also looked into this question myself some time ago. Because I could not remember the answer off the top of the head, I checked code.</div><div>So, if you read statcond() line 412-423, you can find the trick. It looks like you perform ANOVA with surrogate data (i.e., shuffle subjects across conditions--this represents the null hypothesis that the three or more groups of data come from the same distribution hence no mean difference) for let's say 5,000 times. You store these 5,000 F statistics to make a distribution, against which you test which percentile your actual F statistics falls within. I did not run this process this time so I can't give you absolute guarantee, but 95% I'm sure this is how it works. This explains why you can apply 'permutation' (which is one of the methods for generating surrogate data to perform non-parametric test).</div><div><br></div>> Am I doing something wrong or is it possible to use permutation based ANOVAs?</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">You are doing fine. But you may want to explain to your reviewer how it works, since I don't hear this approach very often though it seems totally sound.<br><div><br></div><div>Makoto</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 25, 2019 at 5:35 PM Myriam Taga <<a href="mailto:myriamtaga@msn.com">myriamtaga@msn.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Dear all,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I have an experiment with 5 different conditions in which I want to compare ERP amplitudes at 100 ms across all channels.</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I have used permutation based ANOVAs using EEGLAB.</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I got a question from a reviewer stating that he is not familiar with this approach and not even sure if permutation statistics can be used with ANOVA statistics and not only paired comparisons. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Am I doing something wrong or is it possible to use permutation based ANOVAs?</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Kind Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Myriam</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div></div>