<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">Hi Mohith, quick notes below, best wishes.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">*******************************<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">Overall, using eegh in the command window and reviewing the output of that command will help you build your script.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">If you haven't had a chance to, check out the eeglab wiki on scripting, makoto's suggestions list, previous eeglab posts, and the full sequence of the eeglab tutorial + tutorial data (all googlable), <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">In your case, it seems all that's needed is a little practice of each step you want with the eeglab GUI, and then reviewing the eegh output after doing those successful GUI steps, and then integrating that eegh knowledge into your script.<br></div><div><br></div><div><br></div><div>H<span class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,255)">ere's some suggestions about what to try</span> <span class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,255)">before having <br></span></div><div><span class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,255)">REM-only-epoch files/matrices for your spectral metrics computations</span><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">*********************************<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">Break your different conditions (periods of time) into separate files (or separate duplicate EEG structures in matlab memory)<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">Do so by making a loop to load your original file</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">then use the epoching function from eeglab to break the file into REM periods</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">and then ...save the file with a new name (like ID_01_REM_epochs.set)</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">because eeglab normal epoching (I believe) makes epochs of the same length (it will cut the file into X number of epochs based on the REM event of Y amount of time for each epoch) you may need to alternatively....</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">Generate a set of start and end times for each Rem period into a matlab array,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">and then select and save only the eeg data for just those periods, or as it's own .set file, for spectral computation with spectopo.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">These start/end times can be inserted into the eeglab time rejection function to create new rem-only files.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">or used as indices to build new rem-only EEG.data matrices.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div>*Some details about how to attempt to get and use the eegh information to build your own version<span class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,255)"> of the times and remove those times</span><br><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">*examine eegh output in command window after successfully rejecting some time periods manually viewed in eeg plot. You will find the name of the function used for rejecting time periods, the flags that were on or off, and the start/end time periods that you selected in the gui. <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff">*so, one would first make a list of start and end times for REM, insert them into the rejection function correctly, and then save new files/matrices that are ready for spectral computation<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><br><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><br><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:#0000ff"><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Mar 5, 2019 at 5:28 AM VARMA, MOHITH MUKUND <<a href="mailto:mohith96@connect.hku.hk">mohith96@connect.hku.hk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">Dear all:</div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">I am trying to run PSD analysis for each sleep stage within a scored sleep data. First of all I import the event file which contains the information on the latency for each sleep stage and I notice EEGLAB converts this latency information into EEG data points. I would like to run PSD for one specific sleep stage while ignoring the channel activity from other stages. I am not sure how to implement it using the if else statements. Basically I want to tell MATLAB that if the EEG.event.type == REM, then it should run PSD only for the data points that fall in the time period which is scored as REM. Along with running the PSD analysis, I also want to generate separate .set files for each sleep stage. Your help in solving this problem is highly appreciated.</div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">Following is the code snippet I have used so far:</div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif"><br></div><div class="gmail_default"><font face="times new roman, serif">EEG = pop_loadset([subject '_filtered.set']);</font><br></div><div class="gmail_default"><font face="times new roman, serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="times new roman, serif"><div class="gmail_default">EEG.setname = [subject '_sleep_stages'];</div><div class="gmail_default">        </div><div class="gmail_default">[EEG, indices] = pop_importevent( EEG, 'event',[subject '_event_info.txt'],'fields',{'latency' 'type'},'skipline',1,'timeunit',1);</div><div class="gmail_default">        </div><div class="gmail_default">% Obtain event indices whose 'type' is 'N1, N2, N3, REM, ART'</div><div class="gmail_default">allEventTypes = {EEG.event.type}';</div><div class="gmail_default">N1 = find(strcmp(allEventTypes, 'N1'));</div><div class="gmail_default">N2 = find(strcmp(allEventTypes, 'N2'));</div><div class="gmail_default">N3 = find(strcmp(allEventTypes, 'N3'));</div><div class="gmail_default">REM = find(strcmp(allEventTypes, 'REM'));</div><div class="gmail_default">Art = find(strcmp(allEventTypes, 'Art'));</div></font></div><div><font face="times new roman, serif"><br></font></div><div><div><font face="times new roman, serif">%<span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif"> </span><span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">if EEG.event.type == 'REM'</span></font></div><div><font face="times new roman, serif"><br></font></div><div><font face="times new roman, serif"><span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">         </span>%<span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">PSD analysis</span></font></div><div><font face="times new roman, serif"><span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">           </span>figure; [power_whole{s}, freq_whole{s}] = spectopo(EEG.data(3<span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">:6</span>, :), 0, 250, 'freqrange', [0 25], <span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">             </span></font><span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif"></span><span style="font-family:"times new roman",serif">'title', [subject], 'freqfac', 2);</span></div><div><font face="times new roman, serif"><br></font></div><div>%<span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif"> </span><span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">ifelse</span><span class="gmail_default"> </span><span style="font-family:"times new roman",serif">EEG.event.type == '<span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">N2</span>'</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">         </div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">              <span class="gmail_default"></span>%<span class="gmail_default">PSD analysis</span></div><div><font face="times new roman, serif"><span class="gmail_default">           </span>figure; [power_whole{s}, freq_whole{s}] = spectopo(EEG.data(3<span class="gmail_default">:6</span>, :), 0, 250, 'freqrange', [0 25], <span class="gmail_default">             </span></font><span class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif"></span><span style="font-family:"times new roman",serif">'title', [subject], 'freqfac', 2);</span><span style="font-family:"times new roman",serif"></span></div><div>      </div></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif"></div><div class="gmail_default" style="font-family:"times new roman",serif">Regards,</div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail-m_-742696593192755272gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><font size="2" face="times new roman, serif">Mohith M. Varma (Mo)</font></div><div><span style="font-family:"times new roman",serif;font-size:small">Graduate Research Assistant</span><br></div><div><font size="2" face="times new roman, serif"><br></font></div><div><font size="2" face="times new roman, serif">Social & Cognitive Neuroscience Laboratory</font></div><div><span style="font-family:"times new roman",serif;font-size:small">Department of Psychology</span></div><div><font size="2" face="times new roman, serif">Faculty of Social Sciences</font></div><div><font size="2" face="times new roman, serif">The University of Hong Kong</font></div><div><font size="2" face="times new roman, serif">Tel: (+852) 52622875</font></div><div><font size="2" face="times new roman, serif">Email: <a href="mailto:mohith96@connect.hku.hk" target="_blank">mohith96@connect.hku.hk<br></a></font></div><div style="font-size:small"></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></blockquote></div>