<div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear John and Bennett,<div><br></div><div>I updated clean_rawdata() to ver. 1.00 in which using 'off' in GUI is now officially supported. Of course, in clean_rawdata() 'off' is supported. If you find a problem, please let me know.</div><div><br></div><div>I also separated some descriptions about ASR/clean_rawdata() to a separate Wiki page in which I put a summary report of the output data length fluctuation issue and the solution. In short, always use 'availableRAM_GB' option, otherwise clean_rawdata() does not guarantee complete replicatability.</div><div><a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Artifact_Subspace_Reconstruction_(ASR)">https://sccn.ucsd.edu/wiki/Artifact_Subspace_Reconstruction_(ASR)</a> </div><div><br></div><div>Makoto</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 1, 2019 at 5:08 PM Johnson, John T. <<a href="mailto:john.johnson@gatech.edu">john.johnson@gatech.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><u></u>




<div>
<div style="font-family:sans-serif">
<div style="white-space:normal">
<p dir="auto">Using -1 is the correct way to disable options.<br>
Using the text <code style="background-color:rgb(247,247,247);border-radius:3px;margin:0px;padding:0px 0.4em" bgcolor="#F7F7F7">
off</code> may cause undefined behavior. With the conversion from string to number in processing the GUI controls, using
<code style="background-color:rgb(247,247,247);border-radius:3px;margin:0px;padding:0px 0.4em" bgcolor="#F7F7F7">
off</code> for a parameter would result in that parameter being set to zero. This may be the source of the odd behavior Bennett was seeing.</p>
<p dir="auto">Thanks for your reply,<br>
John</p>
<p dir="auto">On 18 Mar 2019, at 22:13, Makoto Miyakoshi wrote:</p>
</div>
<div style="white-space:normal">
<blockquote style="border-left:2px solid rgb(119,119,119);color:rgb(119,119,119);margin:0px 0px 5px;padding-left:5px">
<p dir="auto">Dear Bennett and John,<br>
<br>
Sorry to hear the trouble. I'm interested in replicating the problem.<br>
Could you please tell me more details to replicate the issue? Let me see if<br>
I can fix it. Please make sure you are using EEGLAB 14. Up to ver.13 there<br>
was a quite serious bug that is related to handling events.<br>
</p>
<blockquote style="border-left:2px solid rgb(153,153,153);color:rgb(153,153,153);margin:0px 0px 5px;padding-left:5px">
<p dir="auto">However, while manually running ASR in the GUI does not result in the</p>
</blockquote>
<p dir="auto">loss of events, running ASR from code does (and -1 vs. 'off' yield<br>
different numbers of events lost). Is there any way to resolve this issue?<br>
<br>
I'm not sure about 'event lost' unfortunately, but 'different number of<br>
events lost' may be related to this: Every time ASR is performed, it first<br>
obtains the available RAM. Try the following code on MATLAB.<br>
<br>
freeRamInMB<br>
= java.lang.management.ManagementFactory.getOperatingSystemMXBean().getFreePhysicalMemorySize()/(2^20);<br>
<br>
This tells you how much RAM is available, seen from this command. ASR<br>
determines how it divide the continuous data into chunks, which can<br>
actually change the final data size (my colleague told me up to 0.3% of<br>
jitter was confirmed.) If you are curious, change the code in asr_process<br>
line 105 maxmem = XXX (this should be MB*2). This should fix the number of<br>
'rejected events.'<br>
<br>
Now, general discussion... If we want to obtain the complete<br>
reproducibility, then we have to hard-code this value. ASR was originally<br>
written for real-time BCI application, so this kind of solution was<br>
necessary to prevent memory overflow. However, for the offline analysis we<br>
may want to use a fixed value. However, the current plugin does not have a<br>
structure to pass the value down to this function. I will modify the code<br>
with my colleagues' help (hopefully including Christian himself) to address<br>
the issue. It may take some time (I learned this thing in last November!),<br>
but I want to address it by taking advantage of this momentum!<br>
<br>
Makoto<br>
<br>
<br>
<br>
On Thu, Mar 14, 2019 at 9:18 AM Alterman, Bennett L <<a href="mailto:balterman3@gatech.edu" target="_blank">balterman3@gatech.edu</a>><br>
wrote:<br>
</p>
<blockquote style="border-left:2px solid rgb(153,153,153);color:rgb(153,153,153);margin:0px 0px 5px;padding-left:5px">
<p dir="auto">If using the GUI for ASR, using -1 to turn off an input field yields the<br>
loss of event markers (and eventually epochs), but writing off in the<br>
fields does not result in this loss. When using eegh to get the code, it<br>
returns a line that uses off, but the code does not run unless 'off' is<br>
used. However, while manually running ASR in the GUI does not result in the<br>
loss of events, running ASR from code does (and -1 vs. 'off' yield<br>
different numbers of events lost). Is there any way to resolve this issue?<br>
<br>
<br>
Sincerely,<br>
Bennett Alterman, M.S.<br>
<br>
--<br>
Ph.D. Student, Cognitive Motor Control Laboratory<br>
School of Biological Sciences<br>
Georgia Institute of Technology<br>
<a href="mailto:bennett.alterman@gatech.edu" target="_blank">bennett.alterman@gatech.edu</a><br>
<a href="http://bennettalterman.wix.com/neuroimaging" style="color:rgb(153,153,153)" target="_blank">http://bennettalterman.wix.com/neuroimaging</a><br>
<<a href="http://bennettalterman.wixsite.com/neuroimaging" style="color:rgb(153,153,153)" target="_blank">http://bennettalterman.wixsite.com/neuroimaging</a>><br>
<a href="https://www.linkedin.com/in/bennettalterman/" style="color:rgb(153,153,153)" target="_blank">https://www.linkedin.com/in/bennettalterman/</a><br>
678.485.6318<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" style="color:rgb(153,153,153)" target="_blank">
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to<br>
<a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>
<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></p>
</blockquote>
<p dir="auto">-- <br>
Makoto Miyakoshi<br>
Assistant Project Scientist, Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San Diego</p>
</blockquote>
</div>
<div style="white-space:normal">
<p dir="auto">John T. Johnson<br>
PhD Candidate - Cognitive Motor Control Laboratory<br>
Lab TA NEURO 2001 Principles<br>
School of Biological Sciences<br>
Georgia Institute of Technology</p>
<p dir="auto">678-575-2093<br>
<a href="mailto:john.johnson@gatech.edu" style="color:rgb(57,131,196)" target="_blank">john.johnson@gatech.edu</a></p>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Assistant Project Scientist, Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div></div></div>