
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

</head>

<body>

<div style="font-family:sans-serif">

<div style="white-space:normal">

<p dir="auto">Thanks!</p>

<p dir="auto">On 1 Apr 2019, at 20:20, Makoto Miyakoshi wrote:</p>

<blockquote style="border-left:2px solid #777; color:#777; margin:0 0 5px; padding-left:5px">

<p dir="auto">Dear John and Bennett,<br>

<br>

I updated clean_rawdata() to ver. 1.00 in which using 'off' in GUI is now<br>

officially supported. Of course, in clean_rawdata() 'off' is supported. If<br>

you find a problem, please let me know.<br>

<br>

I also separated some descriptions about ASR/clean_rawdata() to a separate<br>

Wiki page in which I put a summary report of the output data length<br>

fluctuation issue and the solution. In short, always use 'availableRAM_GB'<br>

option, otherwise clean_rawdata() does not guarantee complete<br>

replicatability.<br>

<a href="https://sccn.ucsd.edu/wiki/Artifact_Subspace_Reconstruction_(ASR" style="color:#777">https://sccn.ucsd.edu/wiki/Artifact_Subspace_Reconstruction_(ASR</a>)<br>

<br>

Makoto<br>

<br>

On Mon, Apr 1, 2019 at 5:08 PM Johnson, John T. <john.johnson@gatech.edu><br>

wrote:<br>

</p>

<blockquote style="border-left:2px solid #777; color:#999; margin:0 0 5px; padding-left:5px; border-left-color:#999">

<p dir="auto">Using -1 is the correct way to disable options.<br>

Using the text off may cause undefined behavior. With the conversion from<br>

string to number in processing the GUI controls, using off for a<br>

parameter would result in that parameter being set to zero. This may be the<br>

source of the odd behavior Bennett was seeing.<br>

<br>

Thanks for your reply,<br>

John<br>

<br>

On 18 Mar 2019, at 22:13, Makoto Miyakoshi wrote:<br>

<br>

Dear Bennett and John,<br>

<br>

Sorry to hear the trouble. I'm interested in replicating the problem.<br>

Could you please tell me more details to replicate the issue? Let me see if<br>

I can fix it. Please make sure you are using EEGLAB 14. Up to ver.13 there<br>

was a quite serious bug that is related to handling events.<br>

<br>

However, while manually running ASR in the GUI does not result in the<br>

<br>

loss of events, running ASR from code does (and -1 vs. 'off' yield<br>

different numbers of events lost). Is there any way to resolve this issue?<br>

<br>

I'm not sure about 'event lost' unfortunately, but 'different number of<br>

events lost' may be related to this: Every time ASR is performed, it first<br>

obtains the available RAM. Try the following code on MATLAB.<br>

<br>

freeRamInMB<br>

=<br>

java.lang.management.ManagementFactory.getOperatingSystemMXBean().getFreePhysicalMemorySize()/(2^20);<br>

<br>

This tells you how much RAM is available, seen from this command. ASR<br>

determines how it divide the continuous data into chunks, which can<br>

actually change the final data size (my colleague told me up to 0.3% of<br>

jitter was confirmed.) If you are curious, change the code in asr_process<br>

line 105 maxmem = XXX (this should be MB*2). This should fix the number of<br>

'rejected events.'<br>

<br>

Now, general discussion... If we want to obtain the complete<br>

reproducibility, then we have to hard-code this value. ASR was originally<br>

written for real-time BCI application, so this kind of solution was<br>

necessary to prevent memory overflow. However, for the offline analysis we<br>

may want to use a fixed value. However, the current plugin does not have a<br>

structure to pass the value down to this function. I will modify the code<br>

with my colleagues' help (hopefully including Christian himself) to address<br>

the issue. It may take some time (I learned this thing in last November!),<br>

but I want to address it by taking advantage of this momentum!<br>

<br>

Makoto<br>

<br>

<br>

<br>

On Thu, Mar 14, 2019 at 9:18 AM Alterman, Bennett L <balterman3@gatech.edu</p>

<blockquote style="border-left:2px solid #777; color:#BBB; margin:0 0 5px; padding-left:5px; border-left-color:#BBB">

</blockquote>

<p dir="auto">wrote:<br>

<br>

If using the GUI for ASR, using -1 to turn off an input field yields the<br>

loss of event markers (and eventually epochs), but writing off in the<br>

fields does not result in this loss. When using eegh to get the code, it<br>

returns a line that uses off, but the code does not run unless 'off' is<br>

used. However, while manually running ASR in the GUI does not result in the<br>

loss of events, running ASR from code does (and -1 vs. 'off' yield<br>

different numbers of events lost). Is there any way to resolve this issue?<br>

<br>

<br>

Sincerely,<br>

Bennett Alterman, M.S.<br>

<br>

--<br>

Ph.D. Student, Cognitive Motor Control Laboratory<br>

School of Biological Sciences<br>

Georgia Institute of Technology<br>

bennett.alterman@gatech.edu<br>

<a href="http://bennettalterman.wix.com/neuroimaging" style="color:#999">http://bennettalterman.wix.com/neuroimaging</a><br>

<<a href="http://bennettalterman.wixsite.com/neuroimaging" style="color:#999">http://bennettalterman.wixsite.com/neuroimaging</a>><br>

<a href="https://www.linkedin.com/in/bennettalterman/" style="color:#999">https://www.linkedin.com/in/bennettalterman/</a><br>

678.485.6318<br>

<br>

_______________________________________________<br>

Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" style="color:#999">

http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>

To unsubscribe, send an empty email to<br>

eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu<br>

For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>

eeglablist-request@sccn.ucsd.edu<br>

<br>

--<br>

Makoto Miyakoshi<br>

Assistant Project Scientist, Swartz Center for Computational Neuroscience<br>

Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>

<br>

John T. Johnson<br>

PhD Candidate - Cognitive Motor Control Laboratory<br>

Lab TA NEURO 2001 Principles<br>

School of Biological Sciences<br>

Georgia Institute of Technology<br>

<br>

678-575-2093<br>

john.johnson@gatech.edu<br>

</p>

</blockquote>

<p dir="auto">-- <br>

Makoto Miyakoshi<br>

Assistant Project Scientist, Swartz Center for Computational Neuroscience<br>

Institute for Neural Computation, University of California San Diego</p>

</blockquote>

<p dir="auto">John T. Johnson<br>

PhD Candidate - Cognitive Motor Control Laboratory<br>

Lab TA NEURO 2001 Principles<br>

School of Biological Sciences<br>

Georgia Institute of Technology</p>

<p dir="auto">678-575-2093<br>

john.johnson@gatech.edu</p>

</div>

</div>

</body>

</html>