<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hello Muhammad Abul Hassan,</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
One way to visualize sLORETA is to use MATLAB&#39;s scatter3 function. The Google Drive link below will take you to example figures along with their corresponding scripts and sample data. You will also find code that can turn these figures into movie clips (see the .mp4).</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><a href="https://drive.google.com/folderview?id=0B9MrS-UHiwQEZWZ1OXV6WjB5YWc&amp;usp=drive_web">https://drive.google.com/folderview?id=0B9MrS-UHiwQEZWZ1OXV6WjB5YWc&amp;usp=drive_web</a><br>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">The scripts were built to visualize simulated data but they may still work for your purposes. When you run them a browser will come up asking for the necessary files (read below):</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">(1) scatter_slor.m</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
This script plots each voxel in 3D space based on the MNI (XYZ) coordinates in slorcoords.txt (6236†X 3 array). It then plots the ROI activations (linearly mapping voxel values to the current colormap) using data from ROI_data.txt (6236 X 1 array).</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">(2) scatter_slor_points.m</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">This script highlights voxels of interest (e.g., the max voxel from various conditions) on the MNI head. Lines along the XYZ planes stem from each highlighted voxel so that their location in 3D space can be easily determined. The max_voxel_inds.txt file, which contains row indices of the voxels you wish to highlight, and the slorcoords.txt file are needed for this script.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">There are lots of comments in the scripts which may be useful if you need to modify them. Both scripts contain the code to create the movie clip version if you wish (this will take a while).†</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">You may already know this, but aside from using MATLAB functions for sLORETA visualizations, you could always convert your .txt files back into .slor files after you have operated on them in some way. Just use the built-in sLORETA file converter and visualize your data in the usual way. †</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I hope this helps!</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
Sincerely,</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div style="text-align:left"><font face="verdana, sans-serif"><span style="font-size:small"><b><font color="#ff0000"><br></font></b></span></font></div>
<div style="text-align:left"><font face="verdana, sans-serif"><span style="font-size:small"><b><font color="#ff0000"><br></font></b></span></font></div><div style="text-align:left"><font face="verdana, sans-serif"><span style="font-size:small"><b><font color="#ff0000">Allan Campopiano</font></b></span><span style="font-size:small"> </span><font color="#000000" style="font-size:small">| MA Candidate</font></font></div>
<div style="text-align:left"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><span style="font-size:small">Laboratory of†</span><span style="font-size:small">Cognitive and Affective Neuroscience</span></font></div><div><div style="text-align:left">
<font size="1" face="verdana, sans-serif"><font color="#666666">Brock University | Psychology Department | </font><font color="#666666">500 Glenridge Ave.</font><font color="#666666"><br></font></font></div><div><div style="text-align:left">
<span style="color:rgb(102,102,102);font-size:x-small"><font face="verdana, sans-serif">St. Catharines, ON Canada L2S 3A1</font></span></div><div style="text-align:left"><font face="verdana, sans-serif"><font><b style="font-size:small"><font color="#ff0000">T</font></b><font color="#666666" style="font-size:small"> </font><font style="font-size:small" color="#666666">905-688-5550 x3451</font><font color="#666666" style="font-size:small"> </font><b style="font-size:small"><font color="#ff0000">F†</font></b></font><span style="line-height:20px;text-align:left"><font color="#666666">905-688-6922</font></span></font></div>
</div></div></div></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 21, 2014 at 4:47 AM, Cognitology <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mspape@cognitology.eu" target="_blank">mspape@cognitology.eu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Hi,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">If you happen to use Windows, you could just use the LORETA program by downloading it. Itís incredibly easy to use and includes powerful statistical algorithms. Also, itís somehow quite funny. <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Hereís an old one: <a href="http://www.uzh.ch/keyinst/loreta.htm" target="_blank">http://www.uzh.ch/keyinst/loreta.htm</a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Thereís a new one out there, I think somewhere on google code, but I always have difficulty in finding it.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Best,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Michiel<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u>†<u></u></span></p><div><div style="border-style:solid none none;border-top-color:rgb(181,196,223);border-top-width:1pt;padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10pt;font-family:Tahoma,sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:10pt;font-family:Tahoma,sans-serif"> <a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu</a> [mailto:<a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu</a>] <b>On Behalf Of </b>M Abul Hassan<br>
<b>Sent:</b> 19. January 2014 23:52<br><b>To:</b> eeglab to-email<br><b>Subject:</b> [Eeglablist] plotting sLORETA images<u></u><u></u></span></p></div></div><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u>†<u></u></p><div>
<div style="margin-bottom:10pt"><p class="MsoNormal" style="background-color:white"><span style="font-family:Calibri,sans-serif">Dear EEGLAB users</span><span style="font-family:Helvetica,sans-serif"><u></u><u></u></span></p>
</div><div style="margin-bottom:10pt"><p class="MsoNormal" style="background-color:white"><span style="font-family:Calibri,sans-serif">How can I plot sLORETA images from MATLAB command line once I have activation values for each voxel (MNI coordinates)?I am trying to use plotmri command but I donít know how to control the input parameters.</span><span style="font-family:Helvetica,sans-serif"><u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="background-color:white"><span style="font-family:Calibri,sans-serif">If anybody uses this command than please help me how to set the MNI structure for the plotmri function. Also, if someone knows another command to make sLORETA images, please let me know that command.</span><span style="font-family:Helvetica,sans-serif"><u></u><u></u></span></p>
</div><div style="margin-bottom:10pt"><p class="MsoNormal" style="background-color:white"><span style="font-family:Calibri,sans-serif">Thanks</span><span style="font-family:Helvetica,sans-serif"><u></u><u></u></span></p></div>
<div style="margin-bottom:10pt"><p class="MsoNormal" style="background-color:white"><span style="font-family:Calibri,sans-serif">Best Regards</span><span style="font-family:Helvetica,sans-serif"><u></u><u></u></span></p></div>
<div style="margin-bottom:10pt"><p class="MsoNormal" style="background-color:white"><span style="font-family:Calibri,sans-serif">Muhammad† Abul Hasan</span><span style="font-family:Helvetica,sans-serif"><u></u><u></u></span></p>
</div></div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br></div></div>