<div dir="ltr">Dear Jerry,<div><br></div><div>You are absolutely right! Thank you for pointing this out. I&#39;ll send erratum mail to the past recipients.</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 6, 2015 at 2:01 PM, Jerry Zhu <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jerryzhu@siu.edu" target="_blank">jerryzhu@siu.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">Hi Makoto,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">Thanks for your script!  I have been using it for our data analysis. But I came to realized that the calculation might be a bit different.  Here is how:<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">the output from pop_<span>spectopo or </span><span>spectopo is in unit of 10*log10(absolute power) for each freq bin (say bins b1, b2, b3...  and their corresponding absolute powers are x1, x2, x3...)<br><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>when averaging them directly as in mean(spectra()) that is essentially: (10*log10(x1) + 10*log10(x2) + 10*log10(x3) + ... )/n = 10*log10(x1*x2*x3...)/n  (because the rule of log, plus becomes multiplication)<br><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>Ideally, this would be 10*log10( (x1+x2+x3+...)/n )<br><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>-----------------Real example----------------<br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>The difference of the calculations is smaller with my real data (directly from </span><span><span>spectopo function)</span>: <br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>m = [<br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>-11.0966824712145    -12.2067403734393    -13.1537220992757    -13.7874266498803    -14.1237495677973    -14.0469685506013    -13.6313946102344    -13.7130254954176    -14.5080218939225    -15.2868369198729    -15.3919990544936    -15.3197288848941]<br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>the mean of above numbers directly is -13.8555, convert to absolute power is 10^(-13.8555/10) = 0.0412<br><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>if we convert each number to absolute power first and then calculate mean would be mean(10.^(m/10)) =  0.0429<br><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>Hope this makes sense to you.  whew! ...<br><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>Can you comment on that?  Thanks!<br><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span>Jerry<br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><span><br></span></div><div class="gmail_extra"><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><font>--<br>Jian Zhu, M.A., Ph.D candidate<br>Department of Psychology<br>Southern Illinois University Carbondale<br></font></span></div><div><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><font>Web: <a href="http://zhupsy.com" target="_blank">http://zhupsy.com</a></font></span></div><div><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><font><br>We have two halves in the brain: left and right. Nothing is right in the left. Nothing is left in the right.</font></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 16, 2014 at 3:54 PM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Omar,<div><br></div><div>Sorry for slow response.</div><div>You have to use the spectopo() function in the command line to obtain the raw values. There were related posts in the past in which I have been repeatedly showing the following. Hope it helps.</div><div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div style="font-size:12.5714282989502px">%%%%%%%%%%%%%%%%%%%</div><div style="font-size:12.5714282989502px"><div style="font-size:14px"><div>% for your epoched data, channel 2</div><div>[spectra,freqs] = <span>spectopo</span>(EEG.data(2,:,:), 0, EEG.srate);</div><div><br></div><div>% delta=1-4, theta=4-8, <span>alpha</span>=8-13, beta=13-30, gamma=30-80</div><div>deltaIdx = find(freqs&gt;1 &amp; freqs&lt;4);</div><div>thetaIdx = find(freqs&gt;4 &amp; freqs&lt;8);</div><div><span>alphaIdx</span> = find(freqs&gt;8 &amp; freqs&lt;13);</div><div>betaIdx  = find(freqs&gt;13 &amp; freqs&lt;30);</div><div>gammaIdx = find(freqs&gt;30 &amp; freqs&lt;80);</div><div><br></div><div>% compute absolute power</div><div>deltaPower = 10^(mean(spectra(deltaIdx))/10);</div><div>thetaPower = 10^(mean(spectra(thetaIdx))/10);</div><div>alphaPower = 10^(mean(spectra(<span>alphaIdx</span>))/10);</div><div>betaPower  = 10^(mean(spectra(betaIdx))/10);</div><div>gammaPower = 10^(mean(spectra(gammaIdx))/10);</div></div><div style="font-size:14px">%%%%%%%%%%%%%%%%%</div><div style="font-size:14px"><br></div><div style="font-size:14px"><div style="font-family:arial;font-size:small">If you don&#39;t want to code, maybe you want to try the following toolbox.</div><div style="font-family:arial;font-size:small"><a href="http://www.poil.dk/s/#.VDRGNZTWXNU" target="_blank">http://www.poil.dk/s/#.VDRGNZTWXNU</a></div><div style="font-family:arial;font-size:small"><br></div><div style="font-family:arial;font-size:small">Makoto</div></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Mon, Nov 3, 2014 at 12:24 PM, Omar Ortega <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tourette95@gmail.com" target="_blank">tourette95@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Hi there!<div><br></div><div>I have a question about computing psd,</div><div><br></div><div>I loaded an neuroscan .ee file and I wan to compute the power spectral density, I saw in webpage that is possible to do that by using the plot function, the problemm is:</div><div><br></div><div>I clicked on plot function, but how can i get that into numerical data?</div><div><br></div><div>I need to export the psd in text file in order to work whit it, so first i hope using plot function from eeglab was enough to get the psd.</div><div><br></div><div><br></div><div>help please!!!</div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><span><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br></div></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>