<div dir="ltr">Dear Kevin,<div><br></div><div>&gt; I&#39;m wondering whether to include EOG and ECG channels in ASR like in traditional ICA? Also, whether to apply ASR before referencing?<br></div><div><br></div><div>Yes, for the purpose of consistency. If I understand correctly (I say this because the main algorithm is totally Christian&#39;s, and I just wrote a wrapper) ASR computes correlation matrix of the channels. You may want to include all channels rather than separate some of them (unless you reject them permanently). Applying it before rereferencing makes sense, since you want to clean the data (i.e. exclude noisy channels) before referencing.</div><div><br></div><div>Your pipeline looks fine to me. Good luck!</div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 1, 2015 at 1:36 PM, Kevin Tan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:kevintan@cmu.edu" target="_blank">kevintan@cmu.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Dr. Miyakoshi &amp; EEGlab list members, <div><br></div><div>I&#39;m exploring artifact subspace reconstruction (<font face="monospace, monospace">clean_rawdata</font> plugin) as an alternative to threshold-based artifact rejection. </div><div><br></div><div>I&#39;m wondering whether to include EOG and ECG channels in ASR like in traditional ICA? Also, whether to apply ASR before referencing?</div><div><br></div><div>I am using a 128-channel BioSemi ActiveTwo with 8 external channels: M1, M2, bipolar hEOG, bipolar left vEOG, bottom right vEOG, and ECG. </div><div><br></div><div>BioSemi always records unreferenced. I recorded at 512hz for the sake of comp resources. </div><div><br></div><div>Here&#39;s my preliminary preproc pipeline: </div><div><ol><li>Import data using BDF plugin (unreferenced)<br></li><li>Add channel location info<br></li><li>CleanLine<br></li><li>ASR (including EOG/ECG?)<br></li><li>Reference to 128ch scalp average<br></li><li>ERPlab:<br></li><ol><li>Create Eventlist</li><li>Extract event-based epochs</li><li>Create averaged ERPs</li><li>Lo-pass @ 30hz</li></ol></ol></div><div>Any advice would be appreciated :-)</div><div><br></div><div>Many thanks, </div><div>Kevin</div><div><div><div><div dir="ltr"><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">--</font></div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Kevin Alastair M. Tan</font><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Lab Manager/Research Assistant<br></font><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Department of Psychology &amp; Center for the Neural Basis of Cognition</font></div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Carnegie Mellon University</font></div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font><div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://www.google.com/maps/place/40%C2%B026%2729.5%22N+79%C2%B056%2744.0%22W/@40.4414869,-79.9455701,61m/data=!3m1!1e3!4m2!3m1!1s0x0:0x0" target="_blank">Baker Hall 434</a> | <a href="mailto:kevintan@cmu.edu" target="_blank">kevintan@cmu.edu</a> | <a href="http://tarrlabwiki.cnbc.cmu.edu/index.php/KevinTan" target="_blank">tarrlab.org/kevintan</a></font></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>