<div dir="ltr">Dear Jason,<div><br></div><div>Could you help us here?</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 4, 2015 at 3:43 PM, Tyler Grummett <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tyler.grummett@flinders.edu.au" target="_blank">tyler.grummett@flinders.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div dir="auto">
<div>Hey Srinivas,</div>
<div><br>
</div>
<div>AMICA has always struggled for me on matlab 2014a. I&#39;ve run the code perfectly on 2012a and then used the same script in 2014a/b and it&#39;s given me the same kind of error.</div>
<div><br>
</div>
<div>I&#39;m hoping someone with more experience will answer you, but it at least doesn&#39;t appear as though you&#39;re doing something wrong.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hope that helps :)</div>
<div><br>
</div>
<div>Tyler<br>
<br>
<br>
</div><div><div class="h5">
<div><br>
On 5 Jun 2015, at 7:00 am, Srinivas Kota &lt;<a href="mailto:svkota@gmail.com" target="_blank">svkota@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">Any help would be appreciated with AMICA error. 
<div><br>
</div>
<div>I am using MATLAB R2014a on Mac OS 10.9.5. Here is the two lines of code I was trying to run. 
<div><br>
</div>
<div>
<div>outdir = &#39;/Users/administrator/Desktop/amica_practice/output&#39;;</div>
<div>runamica12( &#39;Memorize.fdt&#39;, &#39;num_chans&#39;, 71,&#39;outdir&#39;, outdir );</div>
<div><br>
</div>
<div>To track error, I made minor changes in runamica12.m</div>
<div><br>
</div>
<div>% from line 850</div>
<div>
<div>if RUN_LOCALLY == 1</div>
<div>    disp(&#39;line 852&#39;)</div>
<div>    AMBIN</div>
<div>    outdir</div>
<div>    system([AMBIN &#39; &#39; outdir &#39;input.param&#39;])</div>
<div>    mods = loadmodout12(outdir)</div>
<div>    weights = mods.W(:,:,1);</div>
<div>    sphere = mods.S(1:mods.num_pcs,:);</div>
<div>    if isnumeric(dat)</div>
<div>        delete(filename);</div>
<div>        %system([&#39;rm &#39; pwd filesep &#39;tmpdata.fdt&#39;]);</div>
<div>        %system([&#39;del &#39; pwd filesep &#39;tmpdata.fdt&#39;]);</div>
<div>    end</div>
</div>
<div><b><br>
</b></div>
<b>Here is the error :</b></div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>/bin/bash: qconf: command not found</div>
<div>/bin/bash: qconf: command not found</div>
<div>/bin/bash: qconf: command not found</div>
<div>No recognized parallel environment found. Run qconf -spl to get a list of available environments and use keyword use_pe.</div>
<div>Running locally with maximum of 4 threads.</div>
<div>mkdir: /Users/administrator/Desktop/amica_practice/output/: File exists</div>
<div>line 852</div>
<div><br>
</div>
<div>AMBIN = /Users/administrator/Desktop/amica_matlab_scripts/amica12mac64</div>
<div>outdid = /Users/administrator/Desktop/amica_practice/output/</div>
<div><br>
</div>
<div><font color="#ff0000">/bin/bash: /Users/administrator/Desktop/amica_matlab_scripts/amica12mac64: Permission denied</font></div>
<div><br>
</div>
<div>ans = 126</div>
<div><br>
</div>
<div>No gm present, setting num_models to 1</div>
<div>No W present, exiting</div>
<div><br>
</div>
<div>mods = </div>
<div><br>
</div>
<div>    num_models: 1</div>
<div>      mod_prob: 1</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="background-color:rgb(238,238,238)"><font color="#ff0000">Reference to non-existent field &#39;W&#39;.</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(238,238,238)"><font color="#ff0000"><br>
</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(238,238,238)"><font color="#ff0000">Error in runamica12 (line 856)</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(238,238,238)"><font color="#ff0000">    weights = mods.W(:,:,1);</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(238,238,238)"><font color="#ff0000"><br>
</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(238,238,238)"><font color="#ff0000">Error in prac_amica (line 7)</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(238,238,238)"><font color="#ff0000">runamica12( &#39;Memorize.fdt&#39;, &#39;num_chans&#39;, 71,&#39;outdir&#39;, outdir );</font></span></div>
<div>
<div dir="ltr"><br>
***********************************************************
<div>Srinivas Kota, Ph.D<br>
Research Scientist<br>
Movement and Neurosciences Center<br>
Institute for Rehabilitation Science and Engineering<br>
Madonna Rehabilitation Hospital<br>
5401 South St, Lincoln, NE 68506<br>
Email: <a href="mailto:svkota@gmail.com" target="_blank">svkota@gmail.com</a><br>
Ph:  <a value="+16183190471">(618) 319-0471</a> (cell)<font color="#3F0080" face="Comic Sans MS,sans-serif" size="2"><span style="font-size:14px"><font color="black" face="Tahoma" size="2"><span style="font-size:10pt" dir="ltr"><font size="1"><span style="font-size:13px"><font face="Arial"><font size="2"><br>
<a href="https://owa.madonna.org/owa/redir.aspx?C=RNnR5lrQvEmYU7lVtl6kLHIjwe3PiNAI8ouI90lD2Vnn4niuQ5QMBdLYDKmByFhfb525xS5XXT8.&amp;URL=http%3a%2f%2fwww.madonna.org%2fresearch_institute%2findex.html" target="_blank"><font face="Tahoma"><font size="3"><span style="font-size:12pt" lang="en">www.madonna.org/research_institute/index.html</span></font></font></a><font face="Tahoma"><span lang="en">
</span></font><font face="Tahoma"><span lang="ja"> </span></font></font></font></span></font></span></font></span></font><br>
***********************************************************</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div></div><blockquote type="cite">
<div><span>_______________________________________________</span><br>
<span>Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a></span><br>
<span>To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">
eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a></span><br>
<span>For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">
eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></span></div>
</blockquote>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>