<div dir="ltr">Dear Basile,<div><br></div><div>&gt; - having volume markers, is there any interest in switching to slice markers (that I could add myself, the scanner being regular)? Does the gradient template is then computed on slices and windowed on let say 30 slices instead of 30 volumes? Or does this slice splitting is already performed in the software?<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">It depends on whether you have identical artifact timecourse for every slice or not. I believe it is not the case. At least in my case, the last slice had visibly different artifact pattern from other slices... probably the first slice is different too. I believe using volume template (i.e. 30-slice long template).</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">&gt; - I removed the 4 ECG channels recorded from the residual artifact correction as suggested, however, there remains high-frequency content in the signal (see <a href="http://s3.postimg.org/uyzdb2zgj/gradient_correction.png" target="_blank">screenshot</a> with 1 ECG channel and EEG channels) only for these channels. Is that because the correction didn&#39;t work that well for these channels ? Is that something that I can fix? Does low-pass filter is compulsory in this step? Why EEG channels are not affected?<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">First of all, the primary purpose of having ECG (or EKG if you like a German flavor) is to build artifact template, and what you need is just reliable peak detection. Your data, after cleaning, seems ok for this criterion. Low-pass filtering the ECG/EKG after cleaning is fine (I think fMRIb apply 20Hz low-pass or something when detecting ECG/EKG peaks...sorry if I&#39;m wrong.) The reason why EEG channels are fine is probably that ECG/EKG channels have longer wires and they are less physically stable than those of EEG channels.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 4, 2015 at 12:35 PM, basile pinsard <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:basile.pinsard@gmail.com" target="_blank">basile.pinsard@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi EEGlab users,<br><br></div>I am quite new to EEGlab and trying to use the fMRIb plugin to correct from MRI artifacts.<br></div>My questions are:<br><br></div>-
 having volume markers, is there any interest in switching to slice 
markers (that I could add myself, the scanner being regular)? Does the 
gradient template is then computed on slices and windowed on let say 30 
slices instead of 30 volumes? Or does this slice splitting is already 
performed in the software?<br><br></div>- I removed the 4 ECG channels 
recorded from the residual artifact correction as suggested, however, 
there remains high-frequency content in the signal (see <a href="http://s3.postimg.org/uyzdb2zgj/gradient_correction.png" target="_blank">screenshot</a> with 1
 ECG channel and EEG channels) only for these channels. Is that because 
the correction didn&#39;t work that well for these channels ? Is that 
something that I can fix? Does low-pass filter is compulsory in this 
step? Why EEG channels are not affected?<br><br></div>Thank you very much for your help and ideas on this.<span class=""><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span class=""><font color="#888888">basile<br><div><br></div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>