<div dir="ltr">Hi Andreas and Makoto,<div><br></div><div>Thank you very much for your responses! I&#39;ve been trying to adapt the function for windowed sinc FIR filter as you suggested with Kaiser as window type (Widmann et al. 2015):</div><div><br></div><div>EEG = pop_firws(EEG, &#39;fcutoff&#39;, [1 70], &#39;ftype&#39;, &#39;bandpass&#39;, &#39;wtype&#39;, &#39;kaiser&#39;, &#39;warg&#39;, 5.65326, &#39;forder&#39;, 1812, &#39;minphase&#39;, 0);</div><div><br></div><div>However, I have some questions about the use:</div><div>1) Is this the best way to use a FIR filter?</div><div>2) Is there any way to estimate the &quot;Kaiser window beta&quot; (&#39;warg&#39;) without using the GUI?</div><div>3) Is there a way to estimate the filter order (&#39;forder&#39;) without using the GUI?</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Eric</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 2, 2015 at 8:02 PM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Eric,<span class=""><div><br></div><div>&gt; The only major difference is that you define passband edges in pop_eegfiltnew but half amplitude (-6 dB) cutoffs in the windowed sinc filter.<br></div><div><br></div></span><div>For details, see below.</div><div><a href="https://cloud.github.com/downloads/widmann/firfilt/firfilt.pdf" target="_blank">https://cloud.github.com/downloads/widmann/firfilt/firfilt.pdf</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Firfilt_FAQ" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Firfilt_FAQ</a><br></div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Sun, Aug 30, 2015 at 11:20 AM, Andreas Widmann <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:widmann@uni-leipzig.de" target="_blank">widmann@uni-leipzig.de</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">Hi Eric,<br>
<span><br>
&gt; I have some questions about both cleanline and the basic FIR filter:<br>
&gt;<br>
&gt; 1) Do you have any recommendation about which one should be used first? At the moment I&#39;m doing this (cleanline first and then bandpass filtering):<br>
</span>Highpass filtering should be done before cleanline. Cleanline expects stationary data. See Nima’s recent paper for a more detailed explanation (Bigdely-Shamlo N, Mullen T, Kothe C, Su K-M and Robbins KA (2015) The PREP pipeline: standardized preprocessing for large-scale EEG analysis. Front. Neuroinform. 9:16. doi: 10.3389/fninf.2015.0001). Consider the „temporary highpass“-solution suggested there in applications not requiring a highpass otherwise.<br>
<span><br>
&gt; [EEG, Sorig, Sclean, f, amps, freqs, g] = pop_cleanline(EEG, &#39;Bandwidth&#39;,2,&#39;ChanCompIndices&#39;,[1:EEG.nbchan], ...<br>
&gt;                           &#39;SignalType&#39;,&#39;Channels&#39;,&#39;ComputeSpectralPower&#39;,true,             ...<br>
&gt;                           &#39;LineFrequencies&#39;,[50 100] ,&#39;NormalizeSpectrum&#39;,false,           ...<br>
&gt;                           &#39;LineAlpha&#39;,0.01,&#39;PaddingFactor&#39;,2,&#39;PlotFigures&#39;,false,          ...<br>
&gt;                           &#39;ScanForLines&#39;,true,&#39;SmoothingFactor&#39;,100,&#39;VerboseOutput&#39;,1,    ...<br>
&gt;                           &#39;SlidingWinLength&#39;,EEG.pnts/EEG.srate,&#39;SlidingWinStep&#39;,EEG.pnts/EEG.srate);<br>
&gt;<br>
&gt; EEG = pop_eegfiltnew(EEG, 1, 70, 1650, 0, [], 1);<br>
&gt;<br>
&gt; 2) I&#39;m doing the filtering before epoching the data (on continuous data). Can that lead to any problem with the filtering?<br>
</span>Filtering should always be done on the continuous data!<br>
<span><br>
&gt; In cleanline: Both the &#39;SlidingWinLength&#39; and &#39;SlidingWinStep&#39; are the length of the recording. However, the &#39;SmootingFactor is 100, which shouldn&#39;t matter when the window length = EEG length.<br>
&gt;<br>
&gt; 3) Is there an easy way to figure out the filter order for pop_eegfiltnew? The current 1650 is just what was decided through the GUI.<br>
</span>Use the windowed sinc FIR filter to manually adjust the filter order. pop_eegfiltnew is just a front-end for the windowed sinc filter with hardcoded hamming window and a default heuristic for filter order as explained in the help text. The only major difference is that you define passband edges in pop_eegfiltnew but half amplitude (-6 dB) cutoffs in the windowed sinc filter.<br>
<br>
Hope this helps! Best,<br>
Andreas<br></div></div>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div>