<div dir="ltr">Dear EEGLAB list, <div><br><div>I have some EEG data from a cognitive experiment which I will analyze for my master thesis. I am not experienced with preprocessing and after I read Makoto&#39;s guidelines and other information in the internet I would like to ask for your help in some dilemmas I face.</div><div><br></div><div>1) Removing bad channels *before* epoching: During examination of the continuous signal, if the parts that consist the epochs of interest are quite ok and only need to reject less than 5-10% of the epochs for bad channels, would it be ok to avoid interpolation, reject bad epochs, and *then* re-reference the good epochs that are left? </div><div><br></div><div>2) Re-referencing to the common average: The data acquisition system was referencing to the common average online for some (unfortunate I guess) reason. Supposing I can extract enough epochs without bad electrode contamination, should I re-reference and if yes to what formula? </div><div><br></div><div>3) Regarding the baseline subtraction: I am oriented towards single trial brain connectivity analysis. Should I do baseline subtraction? The experiment has around 2 sec fixation cross and then the stimulus appears for 1 minute during which the subjects produce responses in self-paced manner. Whenever they come up with a response the press the button and say it. The epochs I will analyse are -1250 to -250 ms relative to the button press. If I should do baseline correction should I use the fixation cross interval or some resting eyes open intervals collected at the beginning of the experiment.</div><div><br></div><div>4) ICA: I did some tests and ended up with AMICA for EOG artifact removal, and then subsequently I used AAR to remove EMG artifact. Do you think this a proper way to deal with the artifacts?</div><div><br></div><div>Please take into consideration it&#39;s my first effort in the field and forgive my ignorance. </div><div><br></div><div>Thank you very much, </div><div>Mina</div><div> </div><div><div><br></div><div><br></div></div></div></div>