<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto"><div>Dear Nima<br><br>So I don't really need to reject interpolated channels.&nbsp;</div><div>Thank you Nima.</div><div><br></div><div>Li Xiang</div><div><br>在 2015年9月19日,00:28,Nima Bigdely Shamlo &lt;<a href="mailto:nima.bigdely@syntrogi.com">nima.bigdely@syntrogi.com</a>&gt; 写道:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr">Dear Li,<div><br></div><div>It is perfectly OK to use interpolated data as long as you do a PCA to the real rank of the data before the ICA process. To do this first you need to calculate the rank of the data:</div><div><br></div><div>r = rank(double(EEG.data(:,:));</div><div><br></div><div>and then in your ICA options, e.g. in Runica or Binica, provide this rank as the pca dimentions with ...'pca, r.</div><div><br></div><div>-Nima<br><br><br><br></div><img width="0" height="0" class="mailtrack-img" src="https://mailtrack.io/trace/mail/a0a935641c87c1424ac03e43d2c3ab828c61f2fb.png"></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 17, 2015 at 7:40 PM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Li,<span class=""><div><br></div><div><span style="font-family:verdana;font-size:13.3333330154419px">&gt; But, for the third question, I am still confused that whether it is ok for ica using interpolated data. Could you please explain whether there is difference in ica results between interpolated and uninterpolated data?</span><br></div><div class="gmail_extra"><br></div></span><div class="gmail_extra">Channel interpolated data are not full ranked i.e. some of the channels are just combination of others so do not carry unique information. ICA may be confused if it regards the interpolated data as full-rank... and we confirmed that in some cases it does cause problems, such as 'ghost ICs' which you can find here</div><div class="gmail_extra"><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_preprocessing_pipeline#Re-reference_the_data_to_average" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_preprocessing_pipeline#Re-reference_the_data_to_average</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div></font></span><div><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Sep 12, 2015 at 1:27 AM, <a href="mailto:lxraplikelx@qq.com" target="_blank">lxraplikelx@qq.com</a> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lxraplikelx@qq.com" target="_blank">lxraplikelx@qq.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div>
<div><span></span><br></div>
<div><br></div><div><span><div style="margin:10px;font-family:verdana;font-size:10pt">Dear Nima &amp; Makoto</div><div style="margin:10px;font-family:verdana;font-size:10pt">Thanks for the kind help!</div><div style="margin:10px;font-family:verdana;font-size:10pt">Yeah, I thought it would be no big problem if I use merged dataset before PREP pipeline.</div><div style="margin:10px;font-family:verdana;font-size:10pt">But, for the third question, I am still confused that whether it is ok for ica using interpolated data. Could you please explain whether there is difference in ica results between interpolated and uninterpolated data?</div><div style="margin:10px;font-family:verdana;font-size:10pt">Thank you for your time!&nbsp;</div><div style="margin:10px;font-family:verdana;font-size:10pt">Li Xiang</div></span></div>
<blockquote style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.5em"><div><br></div><div style="border-style:solid none none;border-top-color:rgb(181,196,223);border-top-width:1pt;padding:3pt 0cm 0cm"><div style="padding:8px;font-size:12px;font-family:tahoma;color:rgb(0,0,0);background:rgb(239,239,239)"><div><b>From:</b>&nbsp;<a href="mailto:nima.bigdely@syntrogi.com" target="_blank">Nima Bigdely Shamlo</a></div><div><b>Date:</b>&nbsp;2015-09-12&nbsp;06:21</div><div><b>To:</b>&nbsp;<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">Makoto Miyakoshi</a></div><div><b>CC:</b>&nbsp;<a href="mailto:lxraplikelx@qq.com" target="_blank">lxraplikelx@qq.com</a>; <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist</a></div><div><b>Subject:</b>&nbsp;Re: [Eeglablist] PREP pipeline &amp; boundary events</div></div></div><div><div><div><div><div dir="ltr">Dear Li<div><br></div><div><div style="font-size:12.8px">(i) You could, especially if the data a few seconds before/after the boundary event is not that important.</div><div style="font-size:12.8px">(ii) No (at least major) problems.</div><div style="font-size:12.8px">(iii) No, since each dataset will be interpolated to have the original number of channels (bad channels replaced by interpolated ones). You will have the same number of channels in all blocks. You will only need to do a 'pca' to the rank of the merged data (in double precision) befoe doing the ICA.&nbsp;</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">-Nima</div><br><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 9, 2015 at 6:34 PM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Nima,<div><br></div><div>Here is a question for you about the PREP pipeline. Would you mind helping him?</div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 4, 2015 at 5:20 AM, <a href="mailto:lxraplikelx@qq.com" target="_blank">lxraplikelx@qq.com</a> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lxraplikelx@qq.com" target="_blank">lxraplikelx@qq.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div>
<div><span></span><span>Dear&nbsp;eeglablist<br><br>I&nbsp;get&nbsp;into&nbsp;<b>an&nbsp;awkward&nbsp;situation&nbsp;using&nbsp;PREP&nbsp;pipeline</b>.&nbsp;The&nbsp;raw&nbsp;datasets&nbsp;I&nbsp;am&nbsp;dealing&nbsp;with&nbsp;are&nbsp;stored&nbsp;separately&nbsp;based&nbsp;on&nbsp;blocks.&nbsp;Firstly,&nbsp;I&nbsp;merged&nbsp;them&nbsp;up&nbsp;for&nbsp;every&nbsp;subject.&nbsp;Then&nbsp;I&nbsp;used&nbsp;PREP&nbsp;pipeline&nbsp;without&nbsp;ignoring&nbsp;boundary&nbsp;event.&nbsp;Since&nbsp;PREP&nbsp;does&nbsp;respect&nbsp;boundary&nbsp;events&nbsp;which&nbsp;represent&nbsp;discontinuities&nbsp;in&nbsp;dataset,&nbsp;PREP&nbsp;skiped&nbsp;all&nbsp;procedures.&nbsp;<br><br>SO,&nbsp;the&nbsp;situation&nbsp;is&nbsp;that&nbsp;</span></div><div><span>(i)when&nbsp;using&nbsp;merged&nbsp;dataset,&nbsp;whether&nbsp;should&nbsp;I&nbsp;just&nbsp;ignore&nbsp;boundary&nbsp;events&nbsp;or&nbsp;not?&nbsp;</span></div><div><span>(ii)If&nbsp;I&nbsp;truely&nbsp;ignoring&nbsp;boundary&nbsp;events&nbsp;and&nbsp;run&nbsp;PREP,&nbsp;is&nbsp;there&nbsp;any&nbsp;problem?&nbsp;</span></div><div><span>(iii)If&nbsp;I&nbsp;do&nbsp;not&nbsp;merge&nbsp;dataset&nbsp;and&nbsp;use&nbsp;datasets&nbsp;of&nbsp;single&nbsp;block,&nbsp;it&nbsp;will&nbsp;very&nbsp;likely&nbsp;lead&nbsp;to&nbsp;inconsistent&nbsp;number&nbsp;of&nbsp;channels&nbsp;in&nbsp;dataset&nbsp;of&nbsp;subject&nbsp;level&nbsp;due&nbsp;to&nbsp;different&nbsp;number&nbsp;of&nbsp;bad&nbsp;channels,&nbsp;and&nbsp;that&nbsp;will&nbsp;not&nbsp;be&nbsp;legitimate&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;downstream&nbsp;behavior&nbsp;like&nbsp;ICA.&nbsp;</span></div><div><span><br>What should I do?&nbsp;</span></div><div><span><br></span></div><div><span>Thank&nbsp;you!</span></div><div><span><br>Best!<br>Li&nbsp;Xiang</span></div>
</div><br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><span><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div><br><br><br><div><font color="#999999">Sent with <a href="https://mailtrack.io/install?source=signature&amp;lang=en&amp;referral=nimabg@gmail.com&amp;idSignature=22" target="_blank">MailTrack</a></font></div><img width="0" height="0" src="https://mailtrack.io/trace/mail/ac9ec311d024689f7f775a6865733100a101eb44.png"></div>
</div></div></div></div></blockquote>
</div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>

</div></blockquote></body></html>