<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style>
<!--
@font-face
        {font-family:SimSun}
@font-face
        {font-family:"Cambria Math"}
@font-face
        {font-family:Calibri}
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:#0563C1;
        text-decoration:underline}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:#954F72;
        text-decoration:underline}
p
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman",serif}
span.EmailStyle17
        {font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext}
.MsoChpDefault
        {font-family:"Calibri",sans-serif}
@page WordSection1
        {margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt}
-->
</style><style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1" lang="EN-GB" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Joshua,<br>
<br>
I have been working on the batch_context extension for eeglab that we hope will integrate eeglab with High Performance Computing clusters. Typically this extension submits jobs to cluster computer schedulers and allows for multiple parallel jobs (e.g. as you
 mentioned &quot;<span lang="en-GB"><font face="Times New Roman,serif" size="3"><span style="font-size:12pt;background-color:white;"><font face="Calibri,sans-serif" color="black">for running multiple computations on different datasets in parallel&quot;).<br>
</font></span></font></span><br>
<font size="2">There is a demonstration of the batch_context extension running MPI AMICA jobs on a SHARCNet cluster here:
<a href="https://www.youtube.com/watch?v=32axMVYFFBA" target="_blank">https://www.youtube.com/watch?v=32axMVYFFBA</a><br>
<br>
The batch_context extension could easily be modified to run parpools and parfor loops on the local machines if that would be valuable. It is typically the case that this sort of &quot;parallelization&quot; is not beneficial on a multi-core machines as computations are
 typically optimized across the cores. That being said, if you notice that on an 8 core machine (for example) you are running a time consuming procedure that is bound to a single core and consumes less than one eighth of the machine's memory, then it would
 be valuable to run eight of these procedures at once. If this would be useful let me know and I will add it to the batch_context extension here: https://github.com/jadesjardins/batch_context.<br>
<br>
I have not been using GPU optimization, but it sounds exciting!<br>
<br>
</font>James Desjardins, MA<br>
<span lang="en-GB"></span>
<div>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText"><i>High Performance Computing Consultant</i><br>
<i>SHARCNet, Compute/Calcul Canada</i><br>
Brock University<br>
500 Glenridge Ave.<br>
St. Catharines, ON, Canada L2S 3A1<br>
905-688-5550 x4676<br>
--<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF366482"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu [eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu] on behalf of Baker, Joshua [joshua.baker@ntu.ac.uk]<br>
<b>Sent:</b> November 18, 2015 5:41 AM<br>
<b>To:</b> eeglablist@sccn.ucsd.edu<br>
<b>Subject:</b> [Eeglablist] Update on GPU and/or Parallel Processing Toolbox?<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div class="WordSection1">
<p style="background:white"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">Dear EEGlab list</span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">&nbsp;</span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">I see that on the EEGlab wiki, there have been some tests using the GPUmat toolbox (wiki&nbsp;updated in 2010). I have just purchased a new machine that i would wish to take
 full advantage of. Have there been any recent developments/tests on using either GPU computing for faster computations, or using the Parallel Processing Toolbox for running multiple computations on different datasets in parallel on the same machine?&nbsp;</span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">&nbsp;</span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">Many thanks,</span></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">Joshua Baker. MSc. </p>
<p class="MsoNormal">Psychology Technician in Behavioural Neuroscience &amp; PhD Researcher.
</p>
<p class="MsoNormal">Midlands Representitive for the Association of Technical Staff in Psychology</p>
<p class="MsoNormal">Chaucer 433 (Psychology Lab Support)</p>
<p class="MsoNormal">Division of Psychology</p>
<p class="MsoNormal">Nottingham Trent University</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">Email:<a href="mailto:mJoshua.baker@ntu.ac.uk" target="_blank"><span style="color:blue">Joshua.baker@ntu.ac.uk</span></a></p>
<p class="MsoNormal">Tel: 01158 482017</p>
<p class="MsoNormal">Mob: 07791846148</p>
<p class="MsoNormal">Linkedin: <a href="https://uk.linkedin.com/pub/joshua-baker/27/626/815" target="_blank">
<span style="color:blue">https://uk.linkedin.com/pub/joshua-baker/27/626/815</span></a></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
</div>
DISCLAIMER: This email is intended solely for the addressee. It may contain private and confidential information. If you are not the intended addressee, please take no action based on it nor show a copy to anyone. In this case, please reply to this email to
 highlight the error. Opinions and information in this email that do not relate to the official business of Nottingham Trent University shall be understood as neither given nor endorsed by the University. Nottingham Trent University has taken steps to ensure
 that this email and any attachments are virus-free, but we do advise that the recipient should check that the email and its attachments are actually virus free. This is in keeping with good computing practice.
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>