<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body>
Dear Makoto,<br>
I also noticed EEG lab have changed to AMICA but I've already run ICA on 100 participants using the previously recommended runica. I was never rank deficient (i average ref after ICA).
<br>
I do it have component corruption. Is it nexeeeary for me to change to amica? It would mean redoing work.<br>
Also, if you do interpolate ICA then how many channels do you remove to prevent rank deficiency and how does this depend on the number of channels interpolated?<br>
Best wishes,<br>
Jumana <br>
------------------------------------------<br>
Jumana Ahmad<br>
Post-Doctoral Research Worker in Cognitive Neuroscience<br>
EU-AIMS Longitudinal European Autism Project (LEAP) &amp; SynaG Study<br>
Room M1.26.Department of Forensic and Neurodevelopmental Sciences (PO 23) | Institute of Psychiatry, Psychology &amp; Neuroscience | King’s College London | 16 De Crespigny Park | London SE5 8AF<br>
<br>
Phone: 0207 848 5359| Email: jumana.ahmad@kcl.ac.uk | Website: www.eu-aims.eu | Facebook: www.facebook.com/euaims<br>
<br>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Ahmad, Jumana<br>
<b>Sent:</b> 13 January 2017 11:22:18<br>
<b>To:</b> mmiyakoshi@ucsd.edu<br>
<b>Cc:</b> eeglablist@sccn.ucsd.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] ICA, re-referencing, interpolation</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div><br>
Hi Makoto,<br>
I think your code does, but I am following a mix of your pipeline when appropriate but also reordering this it to keep in line with what my colleagues in the same project are doing, and they interpolate after. So I am trying to follow those steps. I am hoping
 that if I delete the ICA information and then interpolate and rereference the raw data,that this should be fine? I will check carefully but when I view the raw data after rereferencing, the blinks are still removed.
<br>
Best wishes,<br>
Jumana<br>
------------------------------------------<br>
Jumana Ahmad<br>
Post-Doctoral Research Worker in Cognitive Neuroscience<br>
EU-AIMS Longitudinal European Autism Project (LEAP) &amp; SynaG Study<br>
Room M1.26.Department of Forensic and Neurodevelopmental Sciences (PO 23) | Institute of Psychiatry, Psychology &amp; Neuroscience | King’s College London | 16 De Crespigny Park | London SE5 8AF<br>
<br>
Phone: 0207 848 5359| Email: jumana.ahmad@kcl.ac.uk | Website: www.eu-aims.eu | Facebook: www.facebook.com/euaims<br>
<br>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Makoto Miyakoshi &lt;mmiyakoshi@ucsd.edu&gt;<br>
<b>Sent:</b> 13 January 2017 10:02:59<br>
<b>To:</b> Ahmad, Jumana<br>
<b>Cc:</b> eeglablist@sccn.ucsd.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] ICA, re-referencing, interpolation</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Dear Jumana,
<div><br>
</div>
<div>&gt; I am trying to replicate a pipeline very precisely and this pipeline interpolates after ICA.<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra">Oops, is that true? But when I checked the latest description now, I found that they do NOT change channels after AMICA. Press 'refresh' button to update the page if you haven't done so.</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra">&gt; If possible I would like to interpolate after, as I only need to work with the channel data after the ICA.&nbsp;<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra">If that's the goal, then I think it's fine. But test it carefully before you press the final button! If you are not confident, I recommend you use dead copy of my code and use the channel information in the end (assuming that my latest
 code does NOT interpolate channels after ICA).</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra">Makoto</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Thu, Jan 12, 2017 at 11:31 PM, Ahmad, Jumana <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:jumana.ahmad@kcl.ac.uk" target="_blank">jumana.ahmad@kcl.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div><br>
Hi Makoto,<br>
I am trying to replicate a pipeline very precisely and this pipeline interpolates after ICA. I only wanted to remove the artefacts from the data and then convert back to channel data. If I delete the eye blink components and then convert back to raw data, -and
 then delete all ICA info, such as the weights and activations etc, is it then safe for me to interpolate using the channel data (which now has blinks removed)?<br>
<br>
If I really have to avoid the situation, then how do you get around rank issues of interpolating before? I know you delete channels but how do you know how many to delete in relation to the number of channels interpolated. If possible I would like to interpolate
 after, as I only need to work with the channel data after the ICA. <br>
<br>
Thank you again for your advice! Very much appreciated. <br>
<span class="gmail-">Jumana <br>
------------------------------<wbr>------------<br>
Jumana Ahmad<br>
Post-Doctoral Research Worker in Cognitive Neuroscience<br>
EU-AIMS Longitudinal European Autism Project (LEAP) &amp; SynaG Study<br>
</span>Room M1.26.Department of Forensic and Neurodevelopmental Sciences (PO 23) | Institute of Psychiatry, Psychology &amp; Neuroscience | King’s College London | 16 De Crespigny Park | London SE5 8AF<br>
<br>
Phone: 0207 848 5359| Email: <a href="mailto:jumana.ahmad@kcl.ac.uk" target="_blank">
jumana.ahmad@kcl.ac.uk</a> | Website: <a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.eu-aims.eu&amp;data=01%7C01%7Cjumana.ahmad%40kcl.ac.uk%7C89d274d92ca94825ded208d43b8ab8d2%7C8370cf1416f34c16b83c724071654356%7C0&amp;sdata=b2bm%2BLN%2BqlU%2Ff%2BfqHuP1cDUBtGGS8VSHrYwdKzl5d8A%3D&amp;reserved=0" target="_blank">
www.eu-aims.eu</a> | Facebook: <a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.facebook.com%2Feuaims&amp;data=01%7C01%7Cjumana.ahmad%40kcl.ac.uk%7C89d274d92ca94825ded208d43b8ab8d2%7C8370cf1416f34c16b83c724071654356%7C0&amp;sdata=G%2BWt3IuifCY5wZcspxBMYq1li3tZFcTBhSynPUzpTCc%3D&amp;reserved=0" target="_blank">
www.facebook.com/euaims</a><br>
<br>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-7367123479538496963divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Makoto Miyakoshi &lt;<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> 13 January 2017 08:05:04<br>
<b>To:</b> Ahmad, Jumana<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] ICA, re-referencing, interpolation</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div class="gmail-h5">
<div>
<div dir="ltr">Dear Jumana,
<div><br>
</div>
<div>I encountered that kind of situation many times, which is why I thought it would be a nice idea to show the exact steps in the wiki page. Now you see my point!</div>
<div><br>
</div>
<div>Editing channels after ICA is DANGEROUS. There are even some phenomena that confused me to death which I still don't understand (and do not remember well any more). Some of EEGLAB's check function can detect the change of channel number difference and
 inconsistency with EEG.ica-items, but not all the operations are not supported, particualy any behavior outside GUI (but the worst mysterious case I experienced was replicated even using GUI, so I guess it was like I was performing bug finding in EEGLAB, as
 if several test players plays an alpha version of a computer game trying to do the weirdest things to find bugs.)</div>
<div><br>
</div>
<div>So, my advice is that DO NOT EDIT CHANNELS AFTER ICA. Once the mixing matrix is confused and how it happened, you are done. Just stay away from that situation.</div>
<div><br>
</div>
<div>I appreciate though you have been doing exploration! I'm glad to see that at least other guys than I experience the same issues.&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>From Lufthansa455 to Frankfurt,</div>
<div><br>
</div>
<div>Makoto</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Jan 4, 2017 at 9:06 AM, Ahmad, Jumana <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:jumana.ahmad@kcl.ac.uk" target="_blank">jumana.ahmad@kcl.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div lang="EN-GB">
<div class="gmail-m_-7367123479538496963m_-3838460540513318786WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear EEGLab,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
<p class="MsoNormal">I do not include noisy channels in ICA which I only do to remove eye related components, and specifically want to interpolate then after ICA for rank reasons. I have now done this to over 100 datasets.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">However, once I interpolate and then re-reference my data to the average, I get the error: Error: some channels not used for ICA decomposition are used for rereferencing<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the ICA decomposition has been removed<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
<p class="MsoNormal">However, I purposefully wanted to interpolate these after ICA, and then use them for the average.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Is my eye-blink removal via ICA now affected and undone? <u>
</u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I would appreciate any advice.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best wishes,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Jumana <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:white">
<b><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">------------------------------<wbr>------------</span></b><span style="font-family:helvetica,sans-serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:white">
<b><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125);background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:rgb(255,238,148)">Jumana Ahmad</span></b><span style="font-family:helvetica,sans-serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:white">
<span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">Post-Doctoral Research Worker in Cognitive Neuroscience&nbsp;</span><span style="font-family:helvetica,sans-serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:white">
<i><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">EU-AIMS Longitudinal European Autism Project (LEAP) &amp; SynaG Study</span></i><span style="font-family:helvetica,sans-serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:white">
<span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">Room M1.09. Department of Forensic and Neurodevelopmental Sciences (PO 23) | Institute of Psychiatry, Psychology &amp; Neuroscience | King’s College London | 16 De Crespigny Park | London SE5 8AF</span><span style="font-family:helvetica,sans-serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:white">
<span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">&nbsp;</span><span style="font-family:helvetica,sans-serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:white">
<b><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">Phone:</span></b><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">&nbsp;</span><span lang="EN-US" style="font-size:10pt;color:navy">0207848 0260</span><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">|&nbsp;<b>Email:</b>&nbsp;<span style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;background-color:rgb(255,238,148)">jumana.ahmad</span></span><span style="color:black"><a href="mailto:antonia.sanjose@kcl.ac.uk" target="_blank"><span style="font-size:10pt;color:purple">@kcl.<wbr>ac.uk</span></a></span><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">&nbsp;|&nbsp;<b>Website:</b>&nbsp;</span><span style="color:black"><a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.eu-aims.eu%2F&amp;data=01%7C01%7Cjumana.ahmad%40kcl.ac.uk%7C283380d9389643d9653708d43b7a38bc%7C8370cf1416f34c16b83c724071654356%7C0&amp;sdata=NdhNvFWrTx1tn28VuA31t4ZIiyIMuEoGJ2%2FR5XnRKaI%3D&amp;reserved=0" target="_blank"><span style="font-size:10pt;color:purple">www.eu-aims.e<wbr>u</span></a></span><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">&nbsp;|&nbsp;<b>Facebook:</b>&nbsp;</span><span style="color:black"><a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.facebook.com%2Feuaims&amp;data=01%7C01%7Cjumana.ahmad%40kcl.ac.uk%7C283380d9389643d9653708d43b7a38bc%7C8370cf1416f34c16b83c724071654356%7C0&amp;sdata=%2FCH%2FgGc5kXxLAiHkczUoYIw4SUc1pFQvcYYgWAra3Lc%3D&amp;reserved=0" target="_blank"><span style="font-size:10pt;color:purple">www.facebook.com<wbr>/euaims</span></a></span><span style="font-family:helvetica,sans-serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span><u></u>&nbsp;<u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">******************************<wbr>******************************<wbr>***************************<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">******************************<wbr>******************************<wbr>***************************<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">We are currently looking for volunteers with mild intellectual disability to be part of our exciting and world-leading European project into brain development and social behaviour. Please,
 do get in touch if you know of anyone who may be interested in taking part. </span>
</b><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">******************************<wbr>******************************<wbr>***************************<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;color:rgb(31,73,125)">******************************<wbr>******************************<wbr>***************************<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fsccn.ucsd.edu%2Feeglab%2Feeglabmail.html&amp;data=01%7C01%7Cjumana.ahmad%40kcl.ac.uk%7C283380d9389643d9653708d43b7a38bc%7C8370cf1416f34c16b83c724071654356%7C0&amp;sdata=Smt9AFupZWONzIqfUxI6kozsJPaRQQJLcPy1csF9oHs%3D&amp;reserved=0" rel="noreferrer" target="_blank">
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/ee<wbr>glabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">
eeglablist-unsubscribe@sccn.uc<wbr>sd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">
eeglablist-request@sccn.ucsd.e<wbr>du</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div class="gmail-m_-7367123479538496963gmail_signature">
<div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>
Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div class="gmail_signature">
<div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>
Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>