<div dir="ltr">Dear Jumana,<br><br>&gt; For data rank reasons, I interpolated and average referenced after ICA, using runica. When re-referencing I deleted the ICA activation matrix and the ICA weights, because of course I now have interpolated channels which do not have ICA weights associated with them.<br><br>Average referencing is just to subtract a fixed value from all channels/ICs, so I thought it is harmless. You don&#39;t need to delete ICA-calculated items.<br><br>&gt; I only wanted to do ICA for eye blink rejection, and it worked perfectly and I did not have any ICA corruption (trade offs or rank deficiency). I compared the data before and after ICA and the level of noise was the same. <br><br>Do you mean that if you don&#39;t reject ICA-calculated items, it destroys data? I&#39;m interested in testing it. It&#39;s more likely it does not happen. If you say you reject channels after ICA, it&#39;s more likely to result in more complicated situation, depending on the path you follow using EEGLAB.<br><br>By the way what do you mean trade-off?<br><br>&gt; I am working with an extremely large dataset and do not ideally want to re-do these steps, especially because I am mainly working with raw channel ERP data. <br><br>It&#39;s a good opportunity for you to start using batch code. If you follow my instructions in my wiki pages, 100-200 datasets are nothing. I created a STUDY with nearly 1,000 datasets with no problem, so I can guarantee up to 1,000. If you eventually want to go back to channels, then after ICA selections using std_selectICsByCluster(), perform channel statistics. In this case, I think interpolation will definitely help you because it&#39;ll eliminate missing value problems reasonably.<br><br>&gt; this time on the Chanel data where ICA blink components have been removed<br><br>Even if you run ICA on IC-rejected clean data, you won&#39;t obtain cleaner data. What happens is that you&#39;ll get exactly the same decomposition. Try it with one subject to see it.<br><br>&gt; Identify noisy channels<br>&gt; Run ICA on clean channels<br>&gt; Interpolate electrodes to give the same 60 electrodes per person<br>&gt; Average reference to the 60 electrodes<br>&gt; Compute ERPs on channel data<br>&gt; Then re-run ICA, and do any further analysis on component data.<br><div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Yeah it works. Most likely, the last ICA will produce the same results except post average-reference components show zero-mean scalp topos.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 13, 2017 at 6:20 AM, Ahmad, Jumana <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jumana.ahmad@kcl.ac.uk" target="_blank">jumana.ahmad@kcl.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_-169335420982424779divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:calibri,arial,helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Dear EEGlab. </p>
<p>For data rank reasons, I interpolated and average referenced after ICA, using runica. When re-referencing I deleted the ICA activation matrix and the ICA weights, because of course I now have interpolated channels which do not have ICA weights associated
 with them.</p>
<p><br>
</p>
<p>I only wanted to do ICA for eye blink rejection, and it worked perfectly and I did not have any ICA corruption (trade offs or rank deficiency). I compared the data before and after ICA and the level of noise was the same. </p>
<p><br>
</p>
<p>I am working with an extremely large dataset and do not ideally want to re-do these steps, especially because I am mainly working with raw channel ERP data. </p>
<p><br>
</p>
<p>However, for future analysis, if I did want to work with component data, could I re-run ICA for a second time, this time on the Chanel data where ICA blink components have been removed, and where the interpolated electrodes and the new reference implemented (this
 data should already be clean from blinks etc).</p>
<p><br>
</p>
<p>Overal this would look like:</p>
<p><br>
</p>
<p>Identify noisy channels</p>
<p>Run ICA on clean channels </p>
<p>Interpolate electrodes to give the same 60 electrodes per person</p>
<p>Average reference to the 60 electrodes</p>
<p>Compute ERPs on channel data</p>
<p>Then re-run ICA, and do any further analysis on component data. </p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Please let me know if you can see any issues with this. I very much appreciate any advice. </p>
<p>Best wishes,</p>
<p>Jumana </p>
<p><br>
</p>
<div id="gmail-m_-169335420982424779Signature">
<div id="gmail-m_-169335420982424779divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255);font-family:calibri,arial,helvetica,sans-serif">
<p></p>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:helvetica;margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif" size="2"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"><b>------------------------------<wbr>------------</b></span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:helvetica;margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif" size="2"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"><b><span style="background-color:rgb(255,238,148)">Jumana
 Ahmad</span></b></span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:helvetica;margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif" size="2"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt">Post-Doctoral Research Worker in Cognitive Neuroscience </span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:helvetica;margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif" size="2"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"><i>EU-AIMS Longitudinal European Autism Project (LEAP)
 &amp; SynaG Study</i></span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:helvetica;margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif" size="2"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt">Room M1.26.Department of Forensic and Neurodevelopmental
 Sciences (PO 23) | Institute of Psychiatry, Psychology &amp; Neuroscience | King’s College London | 16 De Crespigny Park | London SE5 8AF</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:helvetica;margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif" size="2"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"> </span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:helvetica;margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif" size="2"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"><b>Phone:</b></span></font><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"> 0207
 848 5359| </span></font><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"><b>Email:</b></span></font><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"> <span style="background-color:rgb(255,238,148)">jumana.ahmad</span></span></font><a href="mailto:antonia.sanjose@kcl.ac.uk" id="gmail-m_-169335420982424779LPNoLP" target="_blank"><font size="2" color="purple"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt">@kcl.<wbr>ac.uk</span></font></a><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"> | </span></font><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"><b>Website:</b></span></font><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"> </span></font><a href="http://www.eu-aims.eu/" id="gmail-m_-169335420982424779LPNoLP" target="_blank"><font size="2" color="purple"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt">www.eu-aims.<wbr>eu</span></font></a><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"> | </span></font><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"><b>Facebook:</b></span></font><font size="2" color="#1F497D"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt"> </span></font><a href="http://www.facebook.com/euaims" id="gmail-m_-169335420982424779LPNoLP" target="_blank"><font size="2" color="purple"><span lang="en-GB" style="font-size:10pt">www.facebook.<wbr>com/euaims</span></font></a></span></font></div>
<br>
<p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/<wbr>eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.<wbr>ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject &quot;set digest mime&quot; to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.<wbr>edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div></div>