<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body>
<br>
Hi Gorka,<br>
You can load an old eeg dataset with the channels present and interpolate that way. See Makoto's preprocessing pipeline for an example.
<br>
I try not to delete until I interpolate to avoid the issue.<br>
Best wishes,<br>
Jumana <br>
------------------------------------------<br>
Jumana Ahmad<br>
Post-Doctoral Research Worker in Cognitive Neuroscience<br>
EU-AIMS Longitudinal European Autism Project (LEAP) &amp; SynaG Study<br>
Room M1.26.Department of Forensic and Neurodevelopmental Sciences (PO 23) | Institute of Psychiatry, Psychology &amp; Neuroscience | King’s College London | 16 De Crespigny Park | London SE5 8AF<br>
<br>
Phone: 0207 848 5359| Email: jumana.ahmad@kcl.ac.uk | Website: www.eu-aims.eu | Facebook: www.facebook.com/euaims<br>
<br>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu &lt;eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu&gt; on behalf of Gorka FG &lt;gorkafraga@gmail.com&gt;<br>
<b>Sent:</b> 07 February 2017 02:24:28<br>
<b>To:</b> eeglablist@sccn.ucsd.edu<br>
<b>Subject:</b> [Eeglablist] interpolate previously deleted channels</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div class="gmail_default" style="font-family:&quot;trebuchet ms&quot;,sans-serif"><span style="font-family:arial,sans-serif">Dear all,&nbsp;</span><br>
</div>
<div class="gmail_default"><br>
</div>
<div class="gmail_default">I have a dataset in which bad channels were manually removed using &nbsp;EEG = pop_select (EEG, 'channel',
<i>chans2keep</i>). In later steps, I was unable to interpolate those removed channels so I did a workaround inserting blank channels and then interpolating (see below).&nbsp;</div>
<div class="gmail_default">Would this approach be correct? am I missing a more simple way of doing this using pop_interp?&nbsp;</div>
<div class="gmail_default"><br>
</div>
<div class="gmail_default">Thanks in advance for the help!&nbsp;<br>
Gorka</div>
<div class="gmail_default"><br>
</div>
<div class="gmail_default"><i>--</i></div>
<div class="gmail_default">%insert blank channels using&nbsp;<i>insertrows</i>&nbsp;<i>&nbsp;</i>(&nbsp;<a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fnl.mathworks.com%2Fmatlabcentral%2Ffileexchange%2F9984-insertrows-a-b-ind-&amp;data=01%7C01%7Cjumana.ahmad%40kcl.ac.uk%7Cf0ecdf1896304cae3e3408d450510fcd%7C8370cf1416f34c16b83c724071654356%7C0&amp;sdata=%2FpE5QPm5UvY2r3dGdaxgYnXkZecjg%2FJTi3igN43%2BzZc%3D&amp;reserved=0">http://nl.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/9984-insertrows-a-b-ind-</a>)
 &nbsp;in each trial:</div>
<div class="gmail_default"><font face="times new roman, serif">&nbsp; &nbsp; </font><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp;</font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">for trial = 1:size(EEG.data,3); % loop thru trials</span></div>
<div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; tmp= EEG.data(:,:,trial);</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; for c = 1:length(chans2interpNum); % loop thru&nbsp;indexes of channels to interpolate</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; tmp= insertrows(tmp,zeros(1,size(EEG.data,2))],chans2interpNum(c)-1); %insert a row of zeros at chan index position<br>
</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; end</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; newEEG(:,:,trial) = tmp;&nbsp;</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;clear tmp</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;end</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;EEG.data = newEEG;<font color="#000000" size="3">&nbsp;</font></font></div>
<div class="gmail_default">%interpolate:&nbsp;<br>
</div>
<div class="gmail_default"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:&quot;trebuchet ms&quot;,sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0)">EEG = eeg_checkset(EEG);</span><br>
</font></div>
<div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">
<div class="gmail_default">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; EEG = pop_chanedit(EEG,'load',chanlocsfile,'besa'); &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>
<div class="gmail_default">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;for c = 1:length(chans2interp);<br>
</div>
<div class="gmail_default">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;EEG =pop_interp(EEG,chans2interpNum(c), 'spherical');</div>
<div class="gmail_default">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;end</div>
<div class="gmail_default">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;EEG = eeg_checkset(EEG);</div>
</font></div>
</div>
</div>
</body>
</html>